结论：停岗期间只发基本工资又要求按时上下班是否合法，需分情况讨论，不能一概而论。
分析如下：
若停岗非因员工原因导致：
- 根据《工资支付暂行规定》第十二条，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。若超过一个工资支付周期，且劳动者提供了正常劳动，则支付的工资不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理。
- 在此情况下，如果停岗并非员工原因，且停岗时间超过一个工资支付周期，用人单位要求员工按时上下班但只支付基本工资（假设基本工资不低于当地最低工资标准），从法律条文上看，并不直接违反最低工资标准的规定。但关键在于，这种安排是否合理，以及是否符合劳动合同的约定或行业惯例。如果劳动合同或公司规章制度中有明确规定，在停岗期间员工需按时上下班且工资支付方式，那么这种安排可能是合法的。然而，如果这种安排缺乏合理依据，或者明显对员工不利，员工有权提出异议，并可以通过协商、调解或仲裁等方式维护自己的权益。
若停岗因员工原因导致：
- 如果停岗是由于员工个人的原因（如违纪、不胜任工作等），用人单位在停岗期间要求员工按时上下班但只支付基本工资，这种安排可能更侧重于对员工的纪律管理或岗位调整，而非单纯的工资支付问题。
- 在此情况下，用人单位需要确保这种安排符合劳动合同的约定、公司规章制度以及相关法律法规的规定。例如，如果公司规章制度中明确规定了因员工原因停岗时的工资支付方式和考勤要求，那么这种安排可能是合法的。但同样，如果这种安排缺乏合理依据或违反了相关法律法规，员工也有权提出异议。
特殊情况考虑：
- 还需要考虑的是，即使基本工资不低于当地最低工资标准，但如果这种工资水平远远低于员工之前的平均工资水平，且停岗时间较长，可能会对员工的生活造成较大影响。在这种情况下，员工可以与用人单位协商调整工资支付方式或寻求其他解决方案。
- 另外，如果用人单位在停岗期间要求员工按时上下班但实际上并没有提供具体的工作任务或工作内容，这种安排可能涉嫌变相降低工资或强迫劳动等违法行为。员工有权对此提出异议并维护自己的合法权益。
建议：
- 对于员工而言，如果遇到停岗期间只发基本工资又要求按时上下班的情况，首先应查看劳动合同和公司规章制度中是否有相关规定。如果有明确规定且符合法律法规的要求，那么需要遵守；如果没有规定或规定不明确，可以与用人单位进行协商或寻求法律援助。
- 对于用人单位而言，在制定停岗期间的工资支付和考勤要求时，应充分考虑员工的合法权益和实际情况，确保安排合理合法且符合行业惯例。同时，也应加强与员工的沟通和协商，以避免不必要的劳动纠纷。
最后，如果对此类问题仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。