结论：公产房协议中约定一方只有居住权而没有更改承租人权利的条款，其有效性需根据具体情况判断，若协议内容合法且双方意思表示真实，则该条款有效；但若存在违反法律强制性规定或损害国家、集体、第三人利益的情况，则该条款可能无效。以下是对此问题的详细分析：
一、协议有效性的基本判断
合法性原则：
- 根据《民法典》的相关规定，民事法律行为应当遵守法律，不得违背公序良俗。公产房协议作为民事法律行为的一种，其内容必须合法，不得违反法律的强制性规定。
- 若协议中约定的“一方只有居住权而没有更改承租人权利”的条款，不违反法律的强制性规定，且双方意思表示真实，则该条款有效。
意思表示真实原则：
- 双方当事人在签订公产房协议时，必须意思表示真实，即双方对协议内容有清晰、准确的理解，并自愿接受协议条款的约束。
- 若协议是在双方自愿、平等、公平的基础上签订的，且没有欺诈、胁迫等情形，则该协议（包括其中关于居住权和更改承租人权利的条款）有效。
二、可能影响协议有效性的情形
违反法律强制性规定：
- 如果公产房协议中的条款违反了法律的强制性规定，如涉及非法转让公产房承租权、损害国家或集体利益等，则该条款无效。
- 例如，若协议中约定一方可以未经批准擅自将公产房转租或转让给他人，这样的条款就违反了公产房管理的相关规定，因此无效。
损害第三人利益：
- 如果公产房协议中的条款损害了第三人的利益，如其他共同居住人的居住权等，则该条款可能因损害第三人利益而被认定为无效。
- 例如，若协议中约定一方独占公产房的居住权，而排除了其他共同居住人的居住权，这样的条款就可能因损害其他共同居住人的利益而被认定为无效。
三、法律建议
审查协议内容：
- 在签订公产房协议前，双方应仔细审查协议内容，确保协议条款合法、合规，且不损害国家、集体或第三人的利益。
- 特别是关于居住权和更改承租人权利的条款，应明确约定双方的权利和义务，避免产生纠纷。
咨询专业律师：
- 由于公产房协议涉及的法律问题较为复杂，且不同地区的公产房管理政策可能存在差异，因此建议在签订协议前咨询专业律师的意见。
- 律师可以根据具体情况提供法律建议，帮助双方制定合法、合规的协议条款，并规避潜在的法律风险。
保留相关证据：
- 在签订公产房协议后，双方应妥善保留相关证据，如协议原件、付款凭证、居住证明等。
- 这些证据在后续可能发生的纠纷中具有重要的证明作用，有助于维护双方的合法权益。
若你对公产房协议的具体条款或法律效力有进一步疑问，可以直接向我咨询。