结论：外包公司被甲方扣钱是否违法，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同有明确约定：
- 如果外包合同中明确规定了甲方在特定情况下有权扣款，且这些情况与实际发生的扣款事由相符，那么甲方的扣款行为通常是合法的。例如，合同中约定若外包公司未按时完成项目，甲方有权扣除一定比例的款项作为违约金。
- 建议：外包公司应仔细审查合同条款，确保自身权益不受侵害。若认为扣款不合理或合同条款存在歧义，可与甲方协商或寻求法律途径解决。
合同无明确约定：
- 如果合同中没有明确规定甲方有权扣款，或者扣款事由与合同约定不符，那么甲方的扣款行为可能构成违约。此时，外包公司有权要求甲方返还被扣款项，并可能要求甲方承担违约责任。
- 建议：外包公司应收集相关证据，如合同、工作记录、沟通记录等，以证明甲方的扣款行为缺乏合同依据。必要时，可向法院提起诉讼或申请仲裁。
二、法律规定角度
合法扣款情形：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，如果甲方因外包公司的违约行为（如未按时交付工作成果、工作成果不符合质量要求等）而遭受损失，甲方有权要求外包公司赔偿损失。在这种情况下，如果合同中有约定或双方协商一致，甲方可以从应付款项中扣除相应金额作为赔偿。
- 注意：即使在这种情况下，甲方的扣款行为也应遵循合理、公平的原则，且扣款金额不得超过实际损失。
非法扣款情形：
- 如果甲方无正当理由扣款，或者扣款金额明显超过实际损失，那么甲方的行为可能构成违法。此时，外包公司有权要求甲方返还被扣款项，并可能要求甲方承担侵权责任或违约责任。
- 建议：外包公司应了解相关法律法规，确保自身权益不受非法侵害。若认为甲方的扣款行为违法，可向相关部门投诉或寻求法律途径解决。
三、实际操作角度
沟通协商：
- 在发现甲方扣款后，外包公司应首先与甲方进行沟通协商，了解扣款原因和依据。如果认为扣款不合理或存在争议，可提出异议并要求甲方提供合理解释和证据。
- 建议：在沟通过程中，外包公司应保持冷静和理性，避免情绪化行为影响协商结果。同时，应做好记录和证据收集工作，以备后续需要。
法律途径：
- 如果沟通协商无果，外包公司可考虑通过法律途径解决争议。这包括向法院提起诉讼、申请仲裁或向相关部门投诉等。
- 建议：在选择法律途径前，外包公司应评估自身实力和风险承受能力，并咨询专业律师的意见。同时，应准备好相关证据和材料，以确保诉讼或仲裁的顺利进行。
总结与启示：外包公司被甲方扣钱是否违法，需根据合同约定、法律规定以及实际操作情况综合判断。作为外包公司，应仔细审查合同条款、了解相关法律法规，并在发现甲方扣款后及时与甲方沟通协商或寻求法律途径解决争议。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。