针对您提出的“甲方扣承包方罚款合法吗”这一问题，我们可以从法律和合同两个层面进行详细分析。

首先，从法律层面来看，在我国，能够对公民或企业的财产行使经济处罚权的主体是有限制的，通常仅限于法律法规明确授权的行政机关、司法机关等。这些主体在行使处罚权时，必须严格遵循法律法规所规定的程序。而甲方与承包方（或施工单位）之间，是基于合同关系建立的民事法律关系，并不构成法律意义上的完全平等主体间的行政处罚关系。因此，甲方无权直接对承包方进行经济处罚，除非这种处罚有明确的法律依据或合同约定。

接下来，我们分析合同层面。甲方是否有权对承包方进行罚款，主要取决于双方合同中的具体约定：

1. 若合同中有明确约定：如果甲乙双方在合同中明确约定了甲方有权对承包方某些特定违约行为进行罚款，并且这些罚款的具体情形、标准等都有清晰且合法的界定，那么在承包方出现符合合同约定的违约情况时，甲方根据合同条款进行的罚款行为是具有合同依据的。但需要注意的是，这种罚款本质上应被视为一种基于合同约定的违约责任承担方式，且该约定不能违反法律法规的强制性规定。

2. 若合同中无明确约定或约定不合法：如果甲乙双方的合同中并未包含关于甲方对承包方进行罚款的条款，或者虽有提及但内容不明确、不合法，那么甲方擅自对承包方进行罚款则缺乏合同及法律依据。在这种情况下，承包方有权拒绝接受罚款，并可通过法律途径维护自身权益。

此外，即使合同中有罚款条款，也需要接受法律的审查。例如，如果罚款金额过高，显失公平，或过分加重了承包方的责任，这样的条款可能会被法院或仲裁机构认定为无效。

建议：

• 对于甲方而言，在签订合同时应明确双方的权利义务关系，避免使用模糊或不合法的罚款条款。如果确实需要设置违约责任条款，应确保其合法性和合理性，并明确违约情形和处罚标准。
• 对于承包方而言，在签订合同时应仔细审查合同条款，特别是关于违约责任和罚款的部分。如果发现合同中有不合法或模糊的条款，应及时与甲方协商修改或拒绝签订。
• 在发生争议时，双方应首先尝试通过协商、调解等友好方式解决。若无法达成一致，可以依法向仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。

综上所述，甲方扣承包方罚款是否合法，取决于双方合同的具体约定以及该约定是否符合法律法规的规定。在处理相关争议时，应全面审查合同条款及法律法规，以确保各方权益得到妥善保护。