和甲方公司合作时，甲方设置的罚款是否合法，需分情况讨论：

1. 若双方为平等民事主体间的合作关系，甲方无权单方面设置罚款条款
   根据《民法典》第四百七十条，合同内容由当事人约定，但不得违反法律、行政法规的强制性规定。罚款属于行政处罚范畴，只有行政机关（如市场监管局、税务局等）在法定权限内才能实施。若甲方是普通企业，其通过合同条款对乙方（合作方）设置罚款，本质属于“违约金”或“损失赔偿”的变相约定。

   • 合法情形：若合同明确约定“乙方违约需支付违约金”，且违约金金额合理（不超过实际损失的30%），则该条款有效。例如，乙方未按期交货导致甲方损失10万元，合同约定违约金3万元，法院可能支持。
     
   • 违法情形：若甲方以“罚款”名义直接扣款，且未在合同中明确约定或金额过高（如扣款5万元但实际损失仅1万元），则可能被认定为“格式条款无效”或“显失公平”，乙方可主张返还多扣部分。

2. 若甲方是行政机关或受行政机关委托的组织，罚款可能合法但需严格符合法定程序
   根据《行政处罚法》，行政机关可在法定权限内对违法行为实施罚款，但需满足以下条件：

   • 罚款依据必须是法律、行政法规或地方性法规（部门规章、地方政府规章无罚款设定权）；
     
   • 罚款金额需在法定幅度内（如《安全生产法》规定对某类违法行为罚款5万-20万元）；
     
   • 需履行告知、听证等程序（如罚款超过一定金额需告知当事人有要求听证的权利）。
     若甲方未满足上述条件，罚款可能被撤销或确认违法，乙方可申请行政复议或提起行政诉讼。

3. 若合作涉及特殊行业（如建筑、金融），需结合行业法规判断
   部分行业对合作方的违约行为有特殊规定。例如：

   • 建筑领域：根据《建设工程质量管理条例》，施工单位未按设计图纸施工，建设单位可要求返工或赔偿，但“罚款”需通过合同约定为“违约金”；
     
   • 金融领域：若乙方违反反洗钱规定，甲方（如银行）可能按内部规定暂停合作，但直接罚款仍需合同依据。
     若行业法规明确禁止罚款，则甲方设置罚款条款无效。

建议：

• 签订合同前，仔细审查“罚款”条款，要求甲方明确为“违约金”并约定合理金额；
  
• 若甲方是行政机关，要求其出示罚款的法律依据及程序文件；
  
• 发生争议时，保留合同、沟通记录、扣款凭证等证据，及时通过协商、诉讼或仲裁解决。
  

如有具体合同条款或案件细节，可进一步向我咨询。