面对公司不依法为员工缴纳社会保险，而员工自行以灵活就业人员身份缴纳的情况，若此类案件进入司法程序，法院通常会依据相关法律法规进行如下判断和处理：
一、法院判决的核心原则
公司违法行为的认定：
- 根据《中华人民共和国社会保险法》第五十八条及《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位有义务自用工之日起三十日内为员工办理社会保险登记并缴纳社会保险费。若公司未履行此义务，即构成违法行为。
员工权益的保障：
- 员工即使已自行以灵活就业身份缴纳了社会保险，仍有权要求公司补缴其应承担部分的社会保险费用。这是基于公司违法未履行法定义务，而员工有权获得应有的社会保障。
二、法院可能的判决内容
补缴社会保险费用：
- 法院会判决公司为员工补缴在职期间应由公司承担的社会保险费用，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险等。
经济补偿：
- 若因公司未缴纳社保导致员工无法享受某些社保待遇（如生育保险待遇），员工可以要求公司给予相应的经济补偿。
其他可能的判决：
- 在某些情况下，如果公司拒不改正违法行为，员工还可以此为由解除劳动合同，并要求公司按照《劳动合同法》的规定支付经济补偿金。
三、员工在诉讼过程中的注意事项
证据准备：
- 员工应准备好能够证明劳动关系的材料，如劳动合同、工资支付凭证、工作证、考勤记录等。
- 同时，提供自己以灵活就业人员身份缴纳社会保险的相关凭证，以证明自己已承担了部分社保费用。
诉讼途径的选择：
- 在提起诉讼前，员工可以尝试与公司协商，要求公司补缴社保或给予经济补偿。
- 若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，并申请劳动仲裁。
- 对仲裁结果不满意时，再向人民法院提起诉讼。
社保关系的转移和衔接：
- 在问题解决后，员工需要将个人缴纳的社保关系转移到公司名下（如果继续在公司工作），或办理社保关系的转移手续（如果离职），以确保社保权益的连续性。
四、实际案例参考
在实际操作中，已有类似案例进入司法程序并得到判决。例如，某员工因公司未缴纳社保而自行以灵活就业身份缴纳，后提起诉讼要求公司补缴社保费用并给予经济补偿。法院最终判决公司为员工补缴社保费用，并支付了相应的经济补偿。
总结
面对公司不依法缴纳社会保险的情况，员工应积极采取措施维护自己的合法权益。通过与公司协商、向相关部门投诉、申请劳动仲裁以及向法院提起诉讼等途径，可以促使公司履行其法定义务并保障员工的社保权益。在诉讼过程中，员工应准备好相关证据，并遵循正确的诉讼途径。同时，在问题解决后还需及时办理社保关系的转移和衔接，以确保自身社保权益的连续性。