可以申请劳动仲裁，但需分情况讨论，具体如下：

1. 若公司未依法缴纳社保且你仍在职
   根据《社会保险法》第58条、第60条，用人单位必须自用工之日起30日内为员工办理社保登记并缴纳社保费，这是法定义务。若公司未履行该义务，即使你以灵活就业身份自行缴纳了部分社保（如养老保险、医疗保险），仍可向劳动仲裁委申请仲裁，要求公司：
   

• 补缴在职期间的社保（需提供劳动合同、工资流水等证明劳动关系）；
  
• 若因未缴社保导致你无法享受社保待遇（如生育津贴、失业金等），可主张赔偿损失。
  注意：灵活就业缴费与单位缴费性质不同，单位缴费部分需由公司承担，个人无法通过灵活就业缴费替代单位义务。

1. 若你已离职且以“未缴社保”为由主张经济补偿
   根据《劳动合同法》第38条、第46条，若公司未依法缴纳社保，你有权解除劳动合同并主张经济补偿（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。此时，即使你已自行缴纳灵活就业社保，仍可申请仲裁要求公司支付经济补偿，但需证明离职原因与公司未缴社保直接相关（如书面通知公司解除合同并说明理由）。

2. 若你已离职且仅要求补缴社保（不主张经济补偿）
   社保补缴问题通常由社保行政部门处理，而非劳动仲裁委。根据《社会保险法》第86条，你可向当地社保局投诉，要求公司补缴社保，社保局会责令公司限期缴纳或补足，并加收滞纳金。若公司仍不履行，社保局可申请法院强制执行。

行动建议：

1. 收集证据：劳动合同、工资记录、工作证、考勤记录等证明劳动关系；
   
2. 优先协商：与公司沟通要求补缴社保或支付经济补偿；
   
3. 申请仲裁：若协商无果，向公司所在地劳动仲裁委提交仲裁申请（需在离职后1年内提出）；
   
4. 投诉社保局：若仅需补缴社保，直接向社保局投诉效率更高。
   

温馨提示：灵活就业社保与单位职工社保在缴费基数、待遇标准上存在差异，建议优先通过法律途径要求公司履行法定义务，以保障你的合法权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。