作为公司的法人，您选择以灵活就业的方式缴纳社保，而非在公司内部参保，这个问题需要从多个角度来分析其合法性。
首先，我们要明确的是，灵活就业参保本身是一种合法的参保方式。灵活就业人员，包括无雇工的个体工商户、未在用人单位参加基本养老保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，都可以按照国家规定缴纳基本养老保险和基本医疗保险。这种方式为那些没有固定雇主或不在传统企业工作的人提供了参保的途径。
然而，关键在于您作为公司的法人，是否应该在公司内部参保。根据《社会保险法》的相关规定，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记，并依法缴纳社会保险费。这是用人单位的法定义务，对于公司法人而言，虽然您可能不直接参与公司的日常运营或领取固定工资，但您作为公司的代表和负责人，在法律上仍被视为公司的一部分，且公司有义务为您（如果视为公司职工的一部分）办理社会保险登记并缴纳社保费（当然，实际中法人是否在公司参保可能因具体情况和地区政策而异，但法律原则上是要求用人单位为其职工参保的）。
现在，如果您选择以灵活就业的方式参保，而不在公司内部参保，这并不直接构成违法，但可能存在以下问题和风险：
公司义务未履行：如果公司未按照法律规定为您（或视为公司职工的部分）办理社会保险登记并缴纳社保费，那么公司可能面临法律责任，包括行政处罚等。
个人权益保障：虽然灵活就业参保是合法的，但您可能无法享受到公司职工参保所带来的一些额外福利或保障，如工伤保险、失业保险等（这些通常只针对公司职工）。
潜在的法律和合规风险：如果您的行为被误解为“挂靠”参保（即虚构劳动关系以非正规途径参保），那么您可能面临个人权益无法保障、财产安全风险、个人信息泄露风险以及影响个人征信和面临联合惩戒等风险。虽然您作为法人，这种情况的可能性较低，但仍需谨慎对待。
建议：
咨询当地社保部门：了解当地对于公司法人参保的具体规定和政策，以确保您的参保方式符合法律要求。
与公司沟通：如果您希望以灵活就业方式参保，建议与公司进行沟通，明确双方的责任和义务，确保公司不会因此面临法律风险。
考虑全面保障：评估灵活就业参保是否能够满足您的全面保障需求，特别是考虑到工伤保险、失业保险等可能无法覆盖的情况。
综上所述，虽然灵活就业参保本身是合法的，但作为公司法人，您需要谨慎考虑是否在公司内部参保以更好地履行公司义务并保障个人权益。