结论：员工严重违反公司制度，公司选择不开除而是与员工协商离职，这种情况下公司是否需要承担赔偿，主要取决于协商离职的具体内容以及是否遵循了相关法律法规。一般来说，如果协商离职是双方自愿且合法合规的，公司通常不需要承担额外的赔偿责任。
详细分析：
协商离职的自愿性与合法性：
- 协商离职应当是双方自愿的结果，即员工同意离职，公司也同意以协商的方式解决。这种离职方式避免了开除可能带来的法律纠纷和负面影响。
- 协商离职的过程应当合法合规，包括但不限于签订书面离职协议、明确离职日期、工资结算、经济补偿（如有）等条款。
经济补偿的考虑：
- 如果在协商离职过程中，公司愿意支付一定的经济补偿给员工，这通常是双方协商的结果，并不构成公司的法定义务。但一旦双方达成协议，公司就应当按照约定支付。
- 如果员工严重违反公司制度，但公司选择不追究其责任，而是以协商离职的方式解决，且离职协议中未约定经济补偿，那么公司通常不需要承担额外的赔偿责任。
潜在的法律风险：
- 尽管协商离职是双方自愿的结果，但如果离职协议中存在不公平、不合理的条款，或者公司利用优势地位强迫员工签订离职协议，员工仍有权向劳动仲裁机构或法院提起诉讼，要求撤销或变更离职协议。
- 另外，如果公司在协商离职过程中存在违法行为，如未按时支付工资、未依法缴纳社会保险等，员工也有权要求公司承担相应的法律责任。
建议：
- 在与员工协商离职时，公司应当确保离职协议的合法性和公平性，明确双方的权利和义务。
- 公司可以咨询专业律师或法律顾问，以确保协商离职的过程符合相关法律法规的要求，避免潜在的法律风险。
- 如果员工对协商离职的条款有异议或提出不合理的要求，公司应当耐心解释和沟通，尽量达成双方都能接受的解决方案。
举例说明：
假设某员工因严重违反公司制度，公司原本有权开除该员工。但考虑到员工的工作表现和公司的人性化管理理念，公司决定与员工协商离职。在协商过程中，双方达成一致意见：员工同意在一个月内离职，公司则支付员工一个月的工资作为经济补偿。这种情况下，公司就不需要承担额外的赔偿责任，因为双方已经通过协商达成了合法合规的离职协议。
总结：员工严重违反公司制度时，公司选择与员工协商离职是一种灵活且人性化的处理方式。只要协商离职的过程合法合规、双方自愿且离职协议公平合理，公司通常不需要承担额外的赔偿责任。但公司仍需谨慎处理协商离职的过程，以避免潜在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。