当工伤认定书下来后，公司不配合做劳动能力鉴定，你可以向以下部门申诉以维护自己的合法权益：

1. 劳动保障行政部门（一般为当地人力资源和社会保障局）

   • 职责与处理方式：劳动保障行政部门负责工伤保险工作，包括劳动能力鉴定的组织和监督。如果公司不配合进行劳动能力鉴定，你可以向该部门反映情况，要求其督促公司履行相关义务。劳动保障行政部门有权对公司进行监督检查，并责令其改正不配合的行为。
   • 所需材料：在向劳动保障行政部门申诉时，建议准备好工伤认定书、与公司沟通的记录（如邮件、短信等）以及其他能证明公司不配合的证据。

2. 劳动监察部门

   • 职责与处理方式：劳动监察部门负责对用人单位遵守劳动保障法律、法规和规章的情况进行监督检查。你可以向劳动监察部门投诉公司不配合劳动能力鉴定的行为，该部门会依法进行调查，并根据调查结果给予相应处罚，同时要求公司协助完成劳动能力鉴定程序。
   • 投诉流程：通常，你需要填写投诉表格，详细描述公司不配合的情况，并附上相关证据。劳动监察部门在受理投诉后，会进行调查并给出处理结果。

3. 工会组织

   • 职责与处理方式：工会组织依法维护员工的合法权益。你可以向本单位工会或当地总工会反映公司不配合劳动能力鉴定的情况，工会可以提供支持和帮助，代表你与用人单位进行沟通协商，促使其积极配合劳动能力鉴定工作。
   • 协商与调解：工会可能会组织双方进行协商，尝试通过调解解决问题。如果协商不成，工会还可以为你提供法律咨询和指导，协助你维护自身合法权益。

在申诉过程中，你还需要注意以下几点：

• 保持证据完整：妥善保管所有与工伤和劳动能力鉴定相关的证据，包括工伤认定书、医疗诊断证明、与公司沟通的记录等。这些证据在申诉过程中将起到关键作用。
• 了解法律规定：熟悉《工伤保险条例》等相关法律法规，了解自己在劳动能力鉴定过程中的权利和义务。这有助于你更好地维护自己的合法权益。
• 及时跟进申诉进展：在向相关部门申诉后，及时跟进申诉进展，了解处理结果。如果申诉过程中遇到问题或需要进一步的帮助，可以及时向相关部门或专业人士咨询。

最后，我想强调的是，面对公司不配合劳动能力鉴定的情况，你应保持冷静，积极采取措施保护自己的合法权益。通过向劳动保障行政部门、劳动监察部门和工会组织申诉，你可以有效地推动劳动能力鉴定的进程，并最终获得应有的赔偿。在整个过程中，如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。