如果公司申请了工伤但之后不配合进行劳动能力鉴定，您可以按照以下步骤来处理这个问题：
首先，需要明确的是，根据《工伤保险条例》的相关规定，职工在发生工伤，并且经过治疗伤情相对稳定后，如果存在残疾或影响劳动能力的情况，是应当进行劳动能力鉴定的。这是为了确定您的工伤等级，进而确定您应享受的工伤保险待遇。
针对公司不配合的情况，您可以采取以下措施：
自行申请劳动能力鉴定：
- 您或您的近亲属可以直接向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出申请。
- 在申请时，需要提供工伤认定决定书以及您工伤医疗的有关资料。这些资料通常可以在您就诊的医疗机构获取。
与公司沟通协商：
- 在采取法律手段之前，您可以尝试与公司进行沟通，了解他们不配合的具体原因，并尝试协商解决问题。
- 您可以向公司说明劳动能力鉴定的重要性，以及它对您享受工伤保险待遇的影响。
寻求法律援助或咨询专业律师：
- 如果公司仍然拒绝配合，您可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师。
- 律师可以为您提供法律建议，帮助您了解您的权利，并指导您如何采取进一步的法律行动。
向劳动监察部门投诉：
- 您还可以向当地的劳动监察部门投诉公司的不配合行为。
- 劳动监察部门有权对公司进行调查，并可能对公司进行处罚，以促使其配合进行劳动能力鉴定。
在处理过程中，您需要注意以下几点：
- 确保您保存了所有与工伤相关的医疗记录和文件，这些将是您申请劳动能力鉴定和后续维权的重要证据。
- 及时了解并遵循当地的法律法规和程序要求，以确保您的权益得到充分保护。
- 保持冷静和理性，避免与公司发生不必要的冲突或争执，这有助于您更好地解决问题。
总之，如果公司不配合进行劳动能力鉴定，您有权自行申请，并可以通过沟通协商、寻求法律援助或向劳动监察部门投诉等方式来维护自己的权益。希望这些建议能对您有所帮助。