结论前置：关于解除劳动关系协议中约定的“分期支付工资，逾期按当期结算金额双倍付违约金”这一条款，违约金的支付方式及合法性需结合具体情况分析，但通常违约金会通过协商、劳动仲裁或诉讼等途径来主张和确定。

详细分析：

1. 协议条款的合法性：

   • 首先，需要确认该协议条款是否合法有效。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者解除劳动合同时，应当依法支付经济补偿或赔偿金（如适用），并结清工资等劳动报酬。若协议中约定的违约金条款不违反法律法规的强制性规定，且是双方真实意思的表示，那么该条款在法律上通常是有效的。
   • 然而，需要注意的是，如果违约金条款显失公平（如违约金过高，远超过实际损失），劳动者有权请求法院或仲裁机构予以调整。

2. 违约金的支付方式：

   • 协商：在发生逾期支付工资的情况时，双方可以首先尝试通过协商的方式解决。如果用人单位承认违约并愿意支付违约金，那么双方可以就违约金的金额和支付方式达成一致。
   • 劳动仲裁：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在仲裁过程中，劳动者需要提供证据证明用人单位存在逾期支付工资的行为，以及协议中约定的违约金条款。仲裁委员会将根据事实和法律规定作出裁决，要求用人单位支付违约金。
   • 诉讼：如果劳动者对劳动仲裁结果不满意，或者用人单位不履行仲裁裁决，劳动者还可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，法院将依法审理案件，并作出判决。如果判决支持劳动者的诉求，用人单位需要按照判决支付违约金。

3. 违约金的计算：

   • 根据协议中的约定，“逾期按当期结算金额双倍付违约金”，这意味着如果用人单位逾期支付某一期的工资，那么需要按照该期工资的两倍来支付违约金。例如，如果某期工资为5000元，逾期支付，则违约金为10000元。
   • 但需要注意的是，违约金的计算应合理，不应过分高于实际损失。如果劳动者认为违约金过高，可以在仲裁或诉讼过程中提出调整请求。

4. 实际操作建议：

   • 在签订解除劳动关系协议时，劳动者应仔细阅读协议条款，特别是关于工资支付和违约金的约定。如有疑问或不明之处，应及时向用人单位或专业律师咨询。
   • 在发生逾期支付工资的情况时，劳动者应保留好相关证据（如工资条、银行转账记录、协议文本等），以便在协商、仲裁或诉讼过程中证明自己的诉求。

后续行动建议：如果您在解除劳动关系协议中遇到了逾期支付工资和违约金的问题，建议您首先与用人单位进行协商。如果协商无果，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁或向人民法院提起诉讼。在此过程中，如有需要，您可以随时向我咨询相关法律问题。