结论前置：仲裁协议中约定两个仲裁机构时，其效力并非绝对有效或无效，而是需根据具体情况综合判断。若协议内容明确且能确定具体仲裁机构，或当事人后续达成补充协议，则仲裁协议有效；若存在不明确性、仲裁机构不具备合法资格，或当事人无法就选择达成一致，则仲裁协议可能无效。
一、仲裁协议有效性的具体分析
能够确定具体仲裁机构的情况：
- 即便仲裁协议中约定了两个仲裁机构，但如果根据协议的具体内容、当事人的后续行为（如通过邮件、会议纪要等方式明确选择其中一个仲裁机构）等，可以确定其中一个明确的仲裁机构，那么该仲裁协议是有效的。
- 示例：甲公司和乙公司在合同中约定，“因本合同发生的争议，提交A仲裁委员会或B仲裁委员会仲裁”。后来，双方通过邮件明确表示选择A仲裁委员会进行仲裁。此情况下，仲裁协议有效。
达成补充协议的情况：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》第十八条，如果仲裁协议对仲裁机构约定不明确，但当事人在争议发生后通过协商达成了补充协议，明确了仲裁机构，那么仲裁协议同样有效。
- 示例：甲公司和乙公司在合同中约定了可以选择A或B仲裁委员会进行仲裁，但在争议发生后，双方通过协商签订了补充协议，明确选择A仲裁委员会进行仲裁。此时，仲裁协议有效。
仲裁机构不具备合法资格的情况：
- 如果约定的两个仲裁机构中，有一个或两个均不具有合法的仲裁资格，那么该仲裁协议无效。
- 示例：甲公司和乙公司在合同中约定了可以选择一个不存在的仲裁委员会或一个不具备仲裁资格的机构进行仲裁。此时，仲裁协议无效。
约定方式不明确的情况：
- 如果仲裁协议中的两个仲裁机构名称模糊不清、相互矛盾，或未明确约定选择仲裁机构的方式或顺序，导致无法确定具体的仲裁机构，仲裁协议可能无效。
- 示例：甲公司和乙公司在合同中约定了“因本合同发生的争议，提交某地仲裁委员会或另一地仲裁委员会仲裁”，但“某地”和“另一地”的表述模糊不清，无法确定具体是哪个仲裁委员会。此时，仲裁协议可能无效。
无法达成一致的情况：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国仲裁法〉若干问题的解释》第五条，如果当事人不能就仲裁机构的选择达成一致，仲裁协议无效。
- 示例：甲公司和乙公司在合同中同样约定了可以选择A或B仲裁委员会进行仲裁，但在争议发生后，双方无法就选择哪个仲裁机构达成一致意见，也没有其他可以确定具体仲裁机构的依据。此时，仲裁协议无效。
二、法律建议
明确约定仲裁机构：
- 在签订仲裁协议时，当事人应尽可能明确约定具体的仲裁机构，以避免因约定不明确而导致的仲裁协议无效风险。
约定多个仲裁机构时的处理：
- 如果确实需要约定多个仲裁机构，应确保在争议发生后能够通过补充协议或其他方式明确选择其中一个仲裁机构。
选择具备合法资格的仲裁机构：
- 当事人在选择仲裁机构时，也应确保其具备合法的仲裁资格和管辖权，以确保仲裁协议的有效性和可执行性。
在处理劳动工伤（劳动仲裁）相关问题时，如果涉及仲裁协议的约定，务必谨慎对待，确保协议内容明确、合法，以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。