结论前置：仲裁协议中约定两个仲裁机构，由提起仲裁的一方确定的仲裁机构是否有效，需根据具体情况综合判断。若协议内容明确且能确定具体仲裁机构，或当事人后续达成补充协议，则仲裁协议有效；若存在不明确性、仲裁机构不具备合法资格，或当事人无法就选择达成一致，则仲裁协议可能无效。
一、仲裁协议有效的情况
能够确定具体仲裁机构：
- 即便仲裁协议中约定了两个仲裁机构，但如果根据协议的具体内容、当事人的后续行为（如通过邮件、会议纪要等方式明确选择其中一个仲裁机构）等，可以确定其中一个明确的仲裁机构，那么该仲裁协议有效。
- 示例：甲公司和乙公司在合同中约定，“因本合同发生的争议，提交A仲裁委员会或B仲裁委员会仲裁”。后来，双方通过邮件明确表示选择A仲裁委员会进行仲裁。此情况下，尽管最初约定了两个仲裁机构，但后续明确确定了具体的仲裁机构，因此仲裁协议有效。
达成补充协议：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》第十八条，如果仲裁协议对仲裁机构约定不明确，但当事人在争议发生后通过协商达成了补充协议，明确了仲裁机构，那么仲裁协议同样有效。
- 示例：甲公司和乙公司在合同中约定了可以选择A或B仲裁委员会进行仲裁，但在争议发生后，双方通过协商达成了补充协议，明确选择A仲裁委员会进行仲裁。此时，仲裁协议有效。
二、仲裁协议无效的情况
仲裁机构不具备合法资格：
- 如果约定的两个仲裁机构中，有一个或两个均不具有合法的仲裁资格，那么该仲裁协议无效。
- 示例：甲公司和乙公司在合同中约定了可以选择一个不存在的仲裁委员会或一个不具备仲裁资格的机构进行仲裁，该仲裁协议无效。
约定方式不明确：
- 如果仲裁协议中的两个仲裁机构名称模糊不清、相互矛盾，或未明确约定选择仲裁机构的方式或顺序，导致无法确定具体的仲裁机构，仲裁协议可能无效。
- 示例：甲公司和乙公司在合同中约定了“因本合同发生的争议，提交当地仲裁委员会或另一城市的仲裁委员会仲裁”，但“当地”和“另一城市”均不明确，且双方无法就选择哪个仲裁机构达成一致，该仲裁协议无效。
无法达成一致：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国仲裁法〉若干问题的解释》第五条，如果当事人不能就仲裁机构的选择达成一致，仲裁协议无效。
- 示例：甲公司和乙公司在合同中同样约定了可以选择A或B仲裁委员会进行仲裁，但在争议发生后，双方无法就选择哪个仲裁委员会达成一致意见，也没有其他可以确定具体仲裁机构的依据。此时，根据法律规定，该仲裁协议无效。
三、建议与总结
明确约定仲裁机构：
- 在签订仲裁协议时，当事人应尽可能明确约定具体的仲裁机构，以避免因约定不明确而导致的仲裁协议无效风险。
约定多个仲裁机构时的处理：
- 如果确实需要约定多个仲裁机构，应确保在争议发生后能够通过补充协议或其他方式明确选择其中一个仲裁机构。
确保仲裁机构的合法资格：
- 当事人在选择仲裁机构时，也应确保其具备合法的仲裁资格和管辖权，以确保仲裁协议的有效性和可执行性。
及时咨询专业律师：
- 在签订仲裁协议或遇到相关争议时，建议及时咨询专业律师，以确保自身权益得到充分保障。
法律依据：
- 《中华人民共和国仲裁法》第十八条：仲裁协议对仲裁事项或者仲裁委员会没有约定或者约定不明确的，当事人可以补充协议；达不成补充协议的，仲裁协议无效。
- 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国仲裁法〉若干问题的解释》第五条：仲裁协议约定两个以上仲裁机构的，当事人可以协议选择其中的一个仲裁机构申请仲裁；当事人不能就仲裁机构选择达成一致的，仲裁协议无效。
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