仲裁协议中约定两个仲裁机构时，其效力需根据具体情况综合判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、仲裁协议有效的情况
能够确定具体仲裁机构：
- 即便仲裁协议中约定了两个仲裁机构，但如果根据具体情况（如当事人的后续行为、约定的具体内容等）可以确定其中一个明确的仲裁机构，那么该仲裁协议是有效的。例如，双方在合同中约定“因本合同发生的争议，提交A仲裁委员会或B仲裁委员会仲裁”，但后续通过邮件、会议纪要等方式明确表示选择A仲裁委员会进行仲裁，此时仲裁协议有效。
达成补充协议：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》第十八条，如果仲裁协议对仲裁机构约定不明确，但当事人在争议发生后通过协商达成了补充协议，明确了仲裁机构，那么仲裁协议同样有效。这意味着，即使最初约定了两个仲裁机构，只要双方能够就选择其中一个达成一致，仲裁协议就可以被视为有效。
二、仲裁协议无效的情况
仲裁机构不具备合法资格：
- 如果约定的两个仲裁机构中，有一个或两个均不具有合法的仲裁资格，那么该仲裁协议无效。在选择仲裁机构时，当事人应确保其具备合法的仲裁资格和管辖权，以确保仲裁协议的有效性和可执行性。
约定方式不明确：
- 如果仲裁协议中的两个仲裁机构名称模糊不清、相互矛盾，或未明确约定选择仲裁机构的方式或顺序，导致无法确定具体的仲裁机构，仲裁协议可能无效。例如，仅约定“在当地仲裁机构仲裁”而未明确具体仲裁机构的，若当地存在多家仲裁机构且无法确定具体是哪一家，则该约定视为不明确，仲裁协议可能无效。
无法达成一致：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国仲裁法〉若干问题的解释》第五条，如果当事人不能就仲裁机构的选择达成一致，仲裁协议无效。这意味着，如果双方在争议发生后无法就选择哪个仲裁机构进行仲裁达成一致意见，且没有其他可以确定具体仲裁机构的依据，那么仲裁协议将无效。
三、实际案例与法律建议
实际案例：
- 有效示例：甲公司和乙公司在合同中约定，“因本合同发生的争议，提交A仲裁委员会或B仲裁委员会仲裁”。后来，双方通过邮件明确表示选择A仲裁委员会进行仲裁。此情况下，尽管最初约定了两个仲裁机构，但后续明确确定了具体的仲裁机构，因此仲裁协议有效。
- 无效示例：甲公司和乙公司在合同中同样约定了可以选择A或B仲裁委员会进行仲裁，但在争议发生后，双方无法就选择哪个仲裁机构达成一致意见，也没有其他可以确定具体仲裁机构的依据。此时，根据法律规定，该仲裁协议无效。
法律建议：
- 在签订仲裁协议时，当事人应尽可能明确约定具体的仲裁机构，以避免因约定不明确而导致的仲裁协议无效风险。如果确实需要约定多个仲裁机构，应确保在争议发生后能够通过补充协议或其他方式明确选择其中一个仲裁机构。
- 同时，当事人在选择仲裁机构时，也应确保其具备合法的仲裁资格和管辖权。可以通过查询相关法律法规、咨询专业律师或访问仲裁机构的官方网站等方式来确认仲裁机构的合法性和管辖权。
总结：仲裁协议中约定两个仲裁机构时，其效力并非绝对有效或无效，而是需要根据具体情况进行综合判断。当事人在签订仲裁协议时应谨慎选择仲裁机构，并确保约定明确、合法，以维护自身的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。