若合同中约定提交的仲裁机构不存在，该仲裁协议通常会被视为无效。以下是对此问题的详细分析：
一、仲裁协议无效的情形
仲裁机构不存在：
- 当合同中约定的仲裁机构实际上并不存在，或者在提起仲裁时该机构已被撤销或解散，那么该仲裁协议因无法指向一个实际存在的仲裁机构而无效。例如，合同中约定“将纠纷提交至不存在的XX仲裁委员会仲裁”，这样的约定显然无法执行，因此仲裁协议无效。
名称不准确或有歧义：
- 若合同中约定的仲裁机构名称模糊、有歧义，或者存在多个可能的解释，导致无法准确确定是哪个仲裁机构时，也视为未约定明确的仲裁机构，仲裁协议同样无效。比如，合同中仅约定“将纠纷提交至某市仲裁委”，但该市有多个仲裁机构，且无法从上下文推断出实际意图，这样的约定也属于无效。
二、法律后果与处理方式
仲裁协议无效的法律后果：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》第十八条的规定，仲裁协议对仲裁事项或者仲裁委员会没有约定或者约定不明确的，当事人可以补充协议；达不成补充协议的，仲裁协议无效。因此，在仲裁机构不存在或约定不明确的情况下，若双方无法就仲裁机构的选择达成一致意见，仲裁协议将无效。
处理方式：
- 补充协议：双方可以尝试就仲裁机构的选择达成新的补充协议，以明确仲裁的具体事项和选择的仲裁委员会。
- 重新签订仲裁协议：若无法达成补充协议，双方可以协商重新签订一份明确的仲裁协议，指定一个实际存在的仲裁机构。
- 诉讼解决：若双方无法就仲裁机构达成一致，且仲裁协议本身因缺乏明确的仲裁机构而无效，任何一方均有权向人民法院提起诉讼，通过司法途径解决争议。
三、实践建议
明确约定仲裁条款：
- 在签订合同时，当事人应尽可能明确地约定仲裁条款，包括指定的仲裁委员会、仲裁事项以及仲裁程序等，以避免后续因约定不明而带来的纠纷。
及时协商补充协议：
- 一旦发现仲裁机构约定不明确或不存在，双方当事人应立即进行友好协商，尝试达成补充协议，以明确仲裁的具体事项和选择的仲裁委员会。
寻求法律咨询与援助：
- 在无法确定仲裁机构或无法达成补充协议的情况下，当事人应及时咨询专业法律人士，如向我咨询，了解自身的权利和义务，并根据实际情况选择合适的法律途径来解决争议。
综上所述，若合同中约定提交的仲裁机构不存在，该仲裁协议通常会被视为无效。在这种情况下，双方当事人应积极协商，尝试达成补充协议或重新签订仲裁协议；若无法达成一致，则可通过诉讼方式解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。