结论前置：协议无效并不意味着其中约定的仲裁条款也必然无效，但需具体分析协议无效的原因及仲裁条款本身的合法性。若仲裁条款本身合法有效，则仲裁约定有效，双方应通过仲裁解决争议；若仲裁条款因特定原因无效，则不能通过仲裁解决争议。
详细分析：
协议无效与仲裁条款独立性的关系：
- 协议无效通常指的是整个协议或协议中的某些条款因违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗等原因而被认定无效。然而，仲裁条款作为协议中的一部分，其有效性并不总是受整个协议有效性的影响。根据《仲裁法》的相关规定，仲裁协议具有独立性，即仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。
仲裁条款有效的情形：
- 若协议无效的原因与仲裁条款无关，且仲裁条款本身符合《仲裁法》的要求，如具有请求仲裁的意思表示、明确的仲裁事项和选定的仲裁委员会，且不存在胁迫、欺诈等导致意思表示不真实的情形，则仲裁条款有效。在此情况下，双方应通过仲裁解决争议。
仲裁条款无效的情形：
- 主体不适格：如果仲裁条款的订立主体是无民事行为能力人或限制民事行为能力人，且未经法定代理人同意或追认，则仲裁条款无效。
- 意思表示不真实：若仲裁条款是在胁迫或欺诈的情况下订立的，导致一方违背真实意愿，则仲裁条款无效。
- 内容不合法：仲裁事项超出法定仲裁范围，如涉及婚姻、收养、监护、扶养、继承等家庭关系纠纷，或依法应由行政机关处理的行政争议，则仲裁条款无效。此外，如果仲裁条款违反仲裁的基本原则，如约定仲裁机构要听从某一方指示进行裁决，也可能导致仲裁条款无效。
- 形式不合法：仲裁条款必须以书面形式订立。如果仲裁条款是口头约定的，则无效。
- 仲裁机构约定不明且无法达成补充协议：如果仲裁条款对仲裁机构没有约定或约定不明确，且当事人事后无法就仲裁机构达成一致意见，则仲裁条款无效。
仲裁条款无效的法律后果：
- 当仲裁条款被认定无效时，通常意味着双方不能通过仲裁解决争议。此时，当事人应通过向有管辖权的人民法院提起诉讼等合法途径来解决纠纷。然而，在特定情形下，如果当事人在仲裁过程中已经进行了实质性的仲裁活动，并且各方对仲裁结果均无异议，这可能会被视为对仲裁条款无效的一种默认或追认，但这种情况较为特殊，其效力需要根据具体的法律规定和案件事实来综合判断。
法律建议：
- 在签订协议时，应确保仲裁条款的合法性和有效性，避免因主体不适格、意思表示不真实、内容不合法、形式不合法或仲裁机构约定不明等原因导致仲裁条款无效。
- 如果协议无效，但仲裁条款本身合法有效，则双方应通过仲裁解决争议。
- 如果仲裁条款被认定无效，当事人应考虑通过诉讼或其他合法途径解决争议，并重新协商并达成有效的仲裁协议（如果希望继续通过仲裁解决争议的话）。
示例说明：
假设甲乙双方签订了一份买卖合同，并在合同中约定了仲裁条款。后来，该买卖合同因违反法律强制性规定而被认定无效。但是，如果仲裁条款本身符合《仲裁法》的要求，且不存在导致无效的情形，则仲裁条款仍然有效。在此情况下，如果双方因合同履行发生争议，应通过仲裁解决。反之，如果仲裁条款因主体不适格或意思表示不真实等原因被认定无效，则双方不能通过仲裁解决争议，而应通过诉讼等途径解决。
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