协议无效时，其中的约定原则上也是无效的，但存在例外情形。以下从不同角度进行详细分析：

一、协议无效时约定的一般效力

根据我国相关法律法规，若某份协议被判定为无效，则意味着这份协议自签署之日起便不具有法律约束力。因此，协议中的各类约定条款，在正常情况下也会因协议的无效而失去其有效性。例如，若协议因违反法律、行政法规的强制性规定而被认定为无效，那么协议中的所有条款，包括但不限于权利义务条款、履行方式条款等，都将自始无效，双方当事人无需受到这些条款的约束。

二、协议无效时约定的例外效力

尽管协议整体无效会导致其中大部分条款失去效力，但存在一些例外情形，即协议中的某些条款在协议无效后仍然可能有效。这些例外条款主要包括：

1. 解决争议方法的条款：

   • 这类条款通常包括仲裁条款、诉讼管辖条款等，它们独立于协议的其他部分存在。即使协议整体被确认为无效，这类与争议解决相关的条款依然可能继续生效。这是因为解决争议的方法是程序性的规定，不依赖于协议的实体内容是否有效。

2. 不影响其他部分效力的条款：

   • 如果协议中的某些条款无效，但这种无效性并不会对其他部分的效力产生实质性的影响，那么其他部分仍然能够保持其原有的有效性。例如，在一份包含多个独立条款的协议中，如果其中一条条款因违反法律规定而被认定为无效，但其他条款并不受此影响，那么这些其他条款就可以作为独立的部分继续发挥其应有的作用。

三、协议无效后的法律后果及责任承担

1. 缔约过失责任：

   • 当协议无效时，有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。这种赔偿责任并非基于协议中的违约责任条款，而是基于法律规定的缔约过失责任。缔约过失责任旨在弥补因协议无效给对方造成的信赖利益损失。

2. 财产返还与折价补偿：

   • 协议无效后，因该协议取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。这是为了恢复双方当事人在协议签订前的财产状态，防止因协议无效而导致一方当事人获得不当利益。

四、具体案例分析

假设甲乙双方签订了一份买卖合同，其中约定了货物的质量标准、交付方式、付款期限以及违约责任等条款。后因该合同违反了法律、行政法规的强制性规定而被认定为无效。在此情况下：

• 合同中的质量标准、交付方式、付款期限等条款将因合同的无效而失去效力。
• 但如果合同中包含了仲裁条款，约定了双方发生争议时应通过仲裁方式解决，那么该仲裁条款在合同无效后仍然有效。
• 如果因合同无效导致一方当事人遭受了损失，那么有过错的一方应当承担缔约过失责任，赔偿对方因此所受到的损失。

建议：在签订协议时，务必确保协议内容合法合规，避免因违反法律、行政法规的强制性规定而导致协议无效。同时，可以在协议中明确约定解决争议的方法，以便在协议无效时能够有一个明确的争议解决途径。如果遇到协议无效或约定效力的问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。