结论前置：公司领导以不加班按旷工处理且扣除全勤的做法，通常是不合法的。下面我从不同角度为你详细分析：

法律角度

1. 加班的自愿性原则 根据我国《劳动法》等相关法律法规，加班应当是劳动者自愿的行为。用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。这意味着，公司不能强制员工加班，员工有权拒绝公司的加班要求。如果公司领导以不加班就按旷工处理，这违反了加班自愿的原则。
2. 旷工的认定标准 旷工通常是指劳动者在正常工作时间内，无正当理由未到岗工作。而员工不加班是在正常工作时间之外，且有权拒绝加班的情况下，公司将其认定为旷工是不合理的。公司不能将员工拒绝加班的行为与旷工混为一谈，更不能以此为由扣除全勤。
3. 全勤奖励的合法性 全勤奖励是公司为了鼓励员工按时出勤而设立的一种激励机制。但是，这种奖励的发放应当遵循公平、合理的原则。如果公司因为员工拒绝加班就扣除全勤，这实际上是对员工拒绝加班行为的一种惩罚，违反了全勤奖励的初衷，也不符合法律规定。

实际操作角度

1. 与公司沟通协商 如果公司领导提出了这样的要求，你可以先尝试与公司进行沟通协商。向领导说明加班的自愿性原则以及自己的实际情况和困难，争取得到领导的理解和支持。在沟通的过程中，要保持冷静和理性，避免情绪化的表达。
2. 收集证据 如果沟通无果，你需要收集相关的证据来维护自己的合法权益。例如，保存好公司关于加班和全勤的相关规定、与领导的沟通记录（如邮件、聊天记录等）、自己的考勤记录等。这些证据将有助于你在后续的维权过程中证明自己的主张。
3. 向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁 如果公司仍然坚持其不合理的做法，你可以向当地的劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁。劳动监察部门有权对公司的违法行为进行查处，并要求公司改正。而劳动仲裁则是一种更为正式的解决劳动争议的方式，通过仲裁裁决来维护自己的合法权益。

可能的法律后果

如果公司因为员工拒绝加班就按旷工处理且扣除全勤，员工有权要求公司补发被扣除的全勤奖励，并可能要求公司支付因违法解除劳动合同（如果公司以此为由解除劳动合同）而产生的经济补偿金等。同时，公司还可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款等。

建议：你可以先尝试与公司沟通协商，如果无法解决，再考虑收集证据并向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如果你在这个过程中有任何疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。