结论前置：在一份为期两年的劳动合同中约定三个月的试用期是违法的，用人单位需根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定承担相应赔偿责任。赔偿金额的计算主要基于劳动者试用期满后的月工资及超过法定试用期的月数。
法律依据与违规分析
根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条的规定，劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月。因此，签订二年的劳动合同却约定三个月的试用期，明显超出了法定试用期的限制，属于违法行为。
赔偿责任与计算方式
基本赔偿原则：
- 用人单位违反规定与劳动者约定试用期的，如果违法约定的试用期已经履行，用人单位需以劳动者试用期满月工资为标准，按已履行的超过法定试用期的期间向劳动者支付赔偿金。
具体赔偿计算：
- 赔偿金额的计算公式为：赔偿金额 = 试用期满月工资 × 超过法定试用期的月数。
- 例如，若劳动者试用期满后的月工资为5000元，且实际履行了超出的一个月试用期，则用人单位应向劳动者支付5000元的赔偿金。
实际损失考量：
- 除了上述基本赔偿外，如果劳动者因试用期约定违法而遭受其他经济损失（如工资差额、社保缴费差额等），也有权要求用人单位进行赔偿。赔偿金额应相当于因违法行为所造成的劳动者的实际损失。
额外损害赔偿：
- 在某些特殊情况下，如果用人单位的违法行为给劳动者造成了精神损害、名誉损害等其他非经济性损害，劳动者还可以根据实际情况主张相应的赔偿。但这部分赔偿通常需要根据具体案件情况由法院进行裁量。
劳动者权益保护与建议
- 提出异议：劳动者在面临试用期约定违法时，有权向用人单位提出异议，并要求调整至合法的试用期时长或选择解除劳动合同并主张相应权益。
- 审查合同：建议劳动者在签订劳动合同前仔细审查合同条款，特别是关于试用期的约定，确保符合法律法规的要求。
- 法律途径：若发生纠纷，劳动者应及时通过法律途径维护自己的合法权益，比如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
用人单位合规建议
- 遵守法规：用人单位在签订劳动合同时应严格遵守相关法律法规，确保试用期的约定合法合规，避免因违法行为而承担不必要的法律责任和经济损失。
- 维护关系：合规的试用期约定也有助于维护良好的劳资关系和企业形象，促进企业的长期发展。
作为李海峰律师，我提醒您在签订劳动合同时务必注意试用期的约定是否合法。如果您在劳动工伤或合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。