结论前置：两年的劳动合同约定3个月试用期是不合法的。

详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条的规定，劳动合同期限与试用期的关系有明确的法律界定。具体来说，当劳动合同期限在一年以上但不满三年时，试用期不得超过二个月。这里的“一年以上”包含一年本身，“不满三年”则明确排除了三年的情况。因此，对于一份为期两年的劳动合同，其试用期的最长合法时长为二个月。

2. 具体案例分析：

   • 在您所描述的情况中，劳动合同签订期限为两年，但约定的试用期为三个月。这明显违反了上述法律中“劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月”的规定。因此，该试用期约定的部分条款是无效的。

3. 劳动者权益保护：

   • 若您的合法权益因不合法的试用期约定而受到侵害，首先可以与用人单位进行协商，要求纠正这一不合法的约定。
   • 如果协商无果，您有权向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。这两种方式都是法律赋予劳动者的权利，用于保障其合法权益不受侵害。

4. 用人单位的法律责任：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十三条的规定，如果用人单位违反了关于试用期的规定，将面临法律责任。具体来说，由劳动行政部门责令改正；如果违法约定的试用期已经履行，用人单位需要以您试用期满月工资为标准，按已经履行的超过法定试用期的期间向您支付赔偿金。例如，若您试用期月工资为8千元，转正后月工资为1万元，且单位违法约定的3个月试用期已全部履行，那么用人单位应向您支付相当于1个月转正工资的赔偿金，即1万元。

总结与建议： 综上所述，两年的劳动合同约定3个月试用期的做法是不合法的。您在面临此类情况时，应了解自己的合法权益，并积极与用人单位沟通协商。如协商不成，应及时向相关部门投诉或申请仲裁。同时，用人单位也应严格遵守法律规定，避免不必要的法律风险和经济损失。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。