结论：工厂清明节放两天假不给全勤是否合法，需根据具体情况判断，主要看这两天假是否属于法定节假日以及工厂的规章制度是否合法合理。
分析：
法定节假日的认定：
- 清明节是我国的法定节假日，通常放假1天（若与周末连休则可能形成3天假期）。若工厂在清明节当天放假，这属于法定节假日的休假，员工应当享受带薪休假，且不应影响全勤奖的获得。
- 若工厂在清明节之外额外放了一天假，且这额外的一天假并非法定节假日，也非周末休息日，那么这一天假是否带薪以及是否影响全勤奖，则取决于工厂的规章制度。
工厂规章制度的影响：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工厂有权制定自己的规章制度，但这些规章制度必须合法、合理，且不得违反国家法律法规的强制性规定。
- 如果工厂的规章制度中明确规定，在法定节假日之外的额外假期不计入全勤，或者因放假而扣除全勤奖，那么这一规定在合法合理的前提下是有效的。但需要注意的是，如果这一规定显失公平或者违反了法律法规的强制性规定，那么它可能是无效的。
全勤奖的性质：
- 全勤奖是工厂为了鼓励员工全勤工作而设立的一种奖励制度。其发放条件和标准应当由工厂在规章制度中明确规定，并且这些规定应当合法、合理、透明。
- 如果工厂因为放假而扣除全勤奖，且这一做法没有明确的规章制度支持，或者规章制度本身不合法、不合理，那么员工有权提出异议，并可以寻求法律途径维护自己的权益。
建议：
- 对于员工：如果工厂因为清明节放假两天而扣除全勤奖，且你认为这一做法不合理或者违反了工厂的规章制度，你可以先与工厂进行沟通协商，了解具体情况和原因。如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或者寻求法律援助。
- 对于工厂：建议工厂在制定规章制度时，充分考虑员工的合法权益和利益平衡，确保规章制度的合法性和合理性。同时，在执行规章制度时，也应当做到公平、公正、透明，避免引起不必要的纠纷和矛盾。
可能后果：
- 如果工厂的规章制度不合法或者不合理，且因此扣除了员工的全勤奖，员工有权要求工厂补发全勤奖，并可能因此引发劳动争议或者诉讼。
- 如果员工对工厂的规章制度有异议，但并未采取合法途径进行维权，而是选择了罢工、闹事等非法方式，那么员工可能会因此承担相应的法律责任。
总之，工厂清明节放两天假不给全勤是否合法，需根据具体情况判断。如果有任何疑问或者需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。