针对您提出的“病假三个月，乡镇补贴全额扣发是否合理合法”的问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，病假期间员工的工资及补贴发放问题，通常受到国家劳动法律法规的保护。在大多数情况下，员工因病请假，其基本工资和应享受的补贴是不应被全额扣发的，除非有特定的法律法规或公司规章制度明确规定了病假期间的工资及补贴发放标准，并且这一标准不违反国家法律法规的强制性规定。
关于您提到的“乡镇补贴全额扣发”，这一做法是否合理合法，需要具体分析：
法律法规层面：
- 国家劳动法律法规通常规定，员工在病假期间应享受一定的工资待遇，这包括基本工资和可能的补贴。除非有明确的法律法规允许在特定情况下扣发病假期间的补贴，否则全额扣发可能违反了相关法律法规。
公司规章制度层面：
- 如果公司有明确的规章制度，规定了病假期间的工资及补贴发放标准，并且这一标准已经向员工进行了公示或告知，那么公司按照这一标准执行是合法的。但即便如此，如果规章制度中的规定违反了国家法律法规的强制性规定，那么该规定也是无效的。
合理性分析：
- 从合理性的角度来看，员工因病请假，其收入已经受到影响。如果此时再全额扣发乡镇补贴，可能会对员工的生活造成较大影响。因此，除非有充分的理由和依据，否则全额扣发补贴的做法可能缺乏合理性。
建议行动：
- 如果您认为公司的做法不合理或违法，您可以先与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解公司扣发补贴的具体原因和依据。
- 如果沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。
综上所述，病假三个月期间乡镇补贴全额扣发，在大多数情况下可能是不合理且不合法的。除非有明确的法律法规或公司规章制度允许这一做法，并且这一标准不违反国家法律法规的强制性规定。因此，我建议您先与公司进行沟通，了解具体情况，并根据需要采取进一步的行动来维护自己的权益。