结论前置：病假一天扣三天工资的做法，一般是不合法的，但具体是否合法还需结合公司规章制度、劳动合同以及地方性法规等因素综合判断。以下从多个角度进行分析：
一、法律法规层面
《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》：该规定明确了企业职工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。在医疗期内，企业不得随意解除劳动合同，且应按照规定支付病假工资或疾病救济费。
病假工资支付标准：根据《劳动部关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》等相关规定，职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。并未规定病假一天需扣三天工资。
二、公司规章制度与劳动合同层面
公司规章制度：如果公司规章制度中明确规定了病假工资的支付方式，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可以按照规章制度执行。但是，如果规章制度中规定病假一天扣三天工资，这一规定很可能因违反法律法规而无效。
劳动合同：劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中约定了病假工资的支付方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应按照劳动合同的约定执行。如果劳动合同中约定了病假一天扣三天工资，这一约定同样可能因违反法律法规而无效。
三、地方性法规层面
不同地区可能根据当地实际情况制定了地方性法规或规章，对病假工资的支付标准进行了具体规定。因此，在判断病假一天扣三天工资是否合法时，还需要考虑当地的地方性法规或规章。但总体来说，地方性法规或规章不太可能支持病假一天扣三天工资的做法。
四、法律建议
与公司协商：如果公司存在病假一天扣三天工资的做法，劳动者可以首先与公司进行协商，要求公司按照法律法规和劳动合同的规定支付病假工资。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门对公司进行查处，并责令公司改正违法行为。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不能满足劳动者的诉求，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
总结来说，病假一天扣三天工资的做法一般是不合法的。如果公司存在这样的做法，劳动者可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等方式来维护自己的合法权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。