公司设定项目奖金取消加班费的做法一般是不合法的。以下从几个角度为你详细分析：

法律角度

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

1. 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
2. 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
3. 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

从上述法律规定可以看出，加班费是劳动者因延长工作时间而应得的额外报酬，是法定的权益，不能通过公司内部规定或项目奖金等方式来替代或取消。项目奖金通常是公司为了激励员工完成特定项目或任务而设立的奖励，它与加班费在性质、目的和支付条件上都是不同的。

实际操作角度

即使公司设立了项目奖金，也不能因此取消员工的加班费。因为加班费是员工因加班而应得的报酬，与项目是否完成、完成得如何无关。如果公司试图通过项目奖金来取消加班费，这实际上是在剥夺员工的法定权益，是违法的。

员工权益保护角度

作为员工，你有权要求公司按照法律规定支付加班费。如果公司拒绝支付或试图通过其他方式（如项目奖金）来替代加班费，你可以采取以下措施来维护自己的权益：

1. 与公司协商：首先，你可以尝试与公司进行协商，明确表达你的诉求和法律依据，要求公司按照法律规定支付加班费。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，请求他们介入调查并处理公司的违法行为。
3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不能满足你的诉求，你还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁或向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的权益。

总结与建议：公司设定项目奖金取消加班费的做法是不合法的。作为员工，你有权要求公司按照法律规定支付加班费，并可以通过协商、投诉、劳动仲裁或诉讼等方式来维护自己的权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。