公司以项目奖金名义结算加班费，而实际未发放加班费的做法是不合法的。以下从几个方面进行详细分析：

加班费与项目奖金的法律性质

1. 加班费：根据《劳动法》及相关规定，加班费是劳动者在超出正常工作时间外提供劳动时，用人单位应支付的额外报酬。这是劳动者应得的劳动报酬的一部分，具有法定性和强制性。
2. 项目奖金：项目奖金通常是用人单位为了激励员工完成特定项目或任务而设立的奖励，其发放与否及发放标准往往与项目的完成情况、员工的贡献度等因素有关，属于用人单位的自主管理范畴。

公司行为的合法性分析

1. 混淆概念：公司将加班费以项目奖金的名义进行结算，实际上是在混淆两种不同性质的报酬。加班费是劳动者应得的法定报酬，而项目奖金则是用人单位的激励措施。两者不能相互替代。
2. 未实际发放加班费：如果公司虽然以项目奖金的名义进行了结算，但实际上并未按照劳动者加班的实际情况支付加班费，那么这种行为就构成了对劳动者权益的侵害。劳动者有权要求公司按照法律规定支付加班费。

法律后果与建议

1. 法律后果：如果公司存在上述违法行为，劳动者可以向劳动监察部门投诉，要求公司改正并支付应得的加班费。同时，劳动者也可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
2. 建议：
   • 保留证据：劳动者应保留好与加班相关的证据，如加班记录、考勤表、项目奖金发放记录等，以便在维权时提供有力支持。
   • 与公司协商：在发现公司存在违法行为后，劳动者可以先尝试与公司进行协商，要求公司按照法律规定支付加班费。如果协商无果，再考虑采取其他法律手段。
   • 寻求法律援助：如果劳动者在维权过程中遇到困难或需要法律帮助，可以向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。

综上所述，公司以项目奖金名义结算加班费而实际未发放加班费的做法是不合法的。劳动者应了解自己的权益并积极维护，如有需要，随时可以向我咨询相关法律问题。