公司发放的绩效奖金不能代替加班费，这种做法是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律性质与目的不同
加班费：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位安排劳动者延长工作时间、休息日或法定休假日工作的，应支付相应的加班费。
- 目的：加班费是对劳动者因超出正常工作时间而付出的额外劳动的法定补偿，旨在保障劳动者的休息权和劳动报酬权。
绩效奖金：
- 定义：绩效奖金是用人单位根据劳动者的工作表现、业绩成果等因素，在基本工资之外给予的奖励性报酬。
- 目的：绩效奖金旨在激励劳动者提高工作效率和质量，促进用人单位的发展，与加班无直接关联。
二、支付条件与标准不同
加班费：
- 支付条件是劳动者存在加班事实，且该加班行为得到了用人单位的认可或安排。
- 支付标准是法定的，具体为：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
绩效奖金：
- 支付条件由用人单位根据自身经营情况和绩效考核制度确定，可能涉及多个方面的考核因素。
- 支付标准没有固定的法律规定，完全取决于用人单位的内部规定和决策。
三、能否相互替代的分析
法律层面：
- 根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，加班费是劳动者因加班而应得的法定报酬，用人单位不得用其他形式的报酬（包括绩效奖金）来替代。
实际执行层面：
- 绩效奖金与加班费在性质、目的和支付条件上存在显著差异，因此不能相互替代。
- 如果用人单位将绩效奖金作为加班费的替代品，实际上是在逃避法定的支付加班费的义务，损害了劳动者的合法权益。
四、法律后果与劳动者权益保护
法律后果：
- 若用人单位以奖金替代加班费，劳动行政部门有权对其进行监督和查处，确保劳动者的合法权益得到保障。
劳动者权益保护：
- 劳动者在遇到此类情况时，有权要求用人单位按照法律规定支付加班费。
- 协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
五、建议与注意事项
用人单位：
- 应严格遵守相关法律法规，确保按时足额支付劳动者的加班费。
- 建立完善的绩效考核制度，明确绩效奖金的发放条件和标准，避免与加班费混淆。
劳动者：
- 了解自己的合法权益，包括加班费和绩效奖金的相关规定。
- 在遇到用人单位未依法支付加班费或用绩效奖金替代加班费的情况时，应及时采取行动维护自己的权益。
综上所述，公司发放的绩效奖金不能代替加班费，这种做法是不合法的。劳动者应了解自己的权益，并在遇到相关问题时积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。