将加班费和奖金放在一起计算是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
如果劳动合同或公司规章制度中有明确规定：
- 劳动合同或公司规章制度是劳动者与用人单位之间约定权利和义务的重要文件。如果其中明确规定了加班费和奖金的计算方式，并且这种计算方式不违反法律法规的强制性规定，那么将加班费和奖金放在一起计算就是合法的。例如，如果合同中规定“员工的月度奖金中包含加班费部分，按照实际加班时长计算并计入奖金总额”，且该规定不违反最低工资标准、加班费支付标准等法律法规，那么这种计算方式就是被允许的。
如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定，但双方协商一致：
- 在没有明确规定的情况下，如果劳动者和用人单位就加班费和奖金的计算方式达成了协商一致，并且这种协商不违反法律法规的强制性规定，那么这种计算方式也是合法的。协商一致是民事法律行为的重要原则，只要双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，就可以产生法律效力。
如果既没有明确规定，也没有协商一致，且违反了法律法规的强制性规定：
- 如果用人单位在没有明确规定或协商一致的情况下，擅自将加班费和奖金放在一起计算，并且这种计算方式违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准、加班费支付标准等），那么这种计算方式就是违法的。例如，如果用人单位将加班费计入奖金总额，导致劳动者实际获得的加班费低于法定标准，那么这种计算方式就违反了《劳动法》中关于加班费支付的规定。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，劳动者有获得劳动报酬的权利，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。加班费是劳动者因加班而应获得的额外报酬，其计算方式应当符合法律法规的规定。奖金则是用人单位根据劳动者的工作表现、业绩等因素给予的额外奖励，其计算方式可以由用人单位自行规定，但不得违反法律法规的强制性规定。
- 建议：对于劳动者来说，如果发现用人单位将加班费和奖金放在一起计算的方式存在违法情形，可以与用人单位进行协商，要求按照法律法规的规定进行计算和支付。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。对于用人单位来说，应当遵守法律法规的规定，合理制定劳动合同和公司规章制度，明确加班费和奖金的计算方式，避免引发劳动纠纷。
可能存在的法律后果：
- 如果用人单位违法将加班费和奖金放在一起计算，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。同时，劳动者也有权要求用人单位支付应得的加班费差额，并可能因此解除劳动合同并要求用人单位支付经济补偿金。
总结与进一步思考：
- 将加班费和奖金放在一起计算是否违法，取决于劳动合同、公司规章制度的规定以及双方的协商情况。在处理此类问题时，应当遵循法律法规的规定，保障劳动者的合法权益。如果你对此类问题还有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。