结论：没有签订公司合同，但公司按合同形式处理盘点差异问题，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：
合同关系的认定：
- 书面合同并非唯一形式：虽然通常合同以书面形式订立，但根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同也可以采取口头形式或其他形式。关键在于双方是否就合同的主要条款达成一致，并存在实际的履行行为。
- 事实合同关系：如果双方虽未签订书面合同，但存在实际的交易行为，如员工实际参与了公司的盘点工作，且公司也接受了员工的劳动成果，那么双方之间可能形成了事实上的合同关系。
盘点差异的处理：
- 合同条款的适用：如果双方之间存在书面或事实上的合同关系，且合同中明确规定了盘点差异的处理方式，那么公司应按照合同条款来处理。
- 无合同条款时的处理：如果合同中没有明确规定盘点差异的处理方式，或者双方之间不存在合同关系，那么公司不能单方面按合同形式处理。此时，应依据相关法律法规或行业惯例，通过协商、调解或诉讼等方式来解决争议。
公司的行为是否合法：
- 有合同依据时：如果公司按合同形式处理盘点差异问题，且该处理方式符合合同条款的约定，那么公司的行为是合法的。
- 无合同依据时：如果公司没有合同依据，单方面按合同形式处理盘点差异问题，且该处理方式对员工不利，那么公司的行为可能构成违法。员工有权要求公司停止违法行为，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。
建议与措施：
- 核实合同关系：员工应首先核实自己与公司之间是否存在书面或事实上的合同关系，以及合同中是否明确规定了盘点差异的处理方式。
- 与公司协商：如果存在争议，员工应尝试与公司进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 寻求法律援助：如果协商无果，员工可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。例如，可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼。
总结与进一步思考：在处理此类问题时，关键在于明确双方之间的合同关系以及合同中关于盘点差异处理的具体条款。如果双方之间存在合同关系，且合同条款明确，那么应按照合同条款来处理；如果双方之间不存在合同关系或合同条款不明确，那么应通过协商、调解或诉讼等方式来解决争议。员工在遇到此类问题时，应保持冷静，积极寻求解决方案，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。