结论：仅依据“只有国企档案没有社区档案”这一情况，不能直接判定在社区按39条解除劳动合同就一定会影响视同缴费认定，需要分情况来看。

情况一：若国企档案能完整证明视同缴费年限相关情况 视同缴费年限的认定主要依据是职工档案中能反映其符合国家规定计算连续工龄的原始材料。国企档案如果完整记录了你在国企工作期间符合视同缴费年限认定的相关信息，比如招工表、工资单、调动介绍信等能证明你连续工龄的材料，即便没有社区档案，一般来说也不会影响视同缴费的认定。因为视同缴费认定重点在于工作经历和工龄的合法性与连续性，国企档案能充分支撑这一点时，社区按39条解除劳动合同这一行为本身，若不涉及对国企工作经历和工龄的否定或篡改，就不会产生影响。

情况二：若国企档案存在缺失且社区档案有补充作用 如果国企档案存在一些关键材料的缺失，导致无法完整认定视同缴费年限，而社区档案中可能有能补充证明你在国企工作期间相关情况的材料，例如社区曾参与过对你工作情况的调查记录、社区保留的你在国企工作时的相关证明等。此时若在社区按39条解除劳动合同，且社区不配合提供相关档案材料或者社区档案材料因解除劳动合同行为受到影响（比如被销毁、篡改等），就可能会对视同缴费认定产生不利影响。因为视同缴费认定需要完整、准确的档案材料作为依据，任何关键材料的缺失或损坏都可能导致认定困难。

情况三：社区按39条解除劳动合同本身存在违规情况 如果社区按39条解除劳动合同的行为本身违反了相关法律法规或政策规定，比如解除程序不合法、解除依据不充分等。这种情况下，无论是否有社区档案，都可能引发劳动争议。在解决劳动争议过程中，若涉及到对你在社区工作相关情况以及与国企工作衔接等方面的调查，可能会因为解除劳动合同的违规行为导致档案材料的管理和使用出现问题，进而间接影响视同缴费的认定。例如，违规解除可能导致社区拒绝提供相关档案，或者提供的档案存在不真实、不完整的情况。

如果你在视同缴费认定方面遇到实际问题，或者对社区解除劳动合同的行为存在疑问，都可以直接向我咨询，我会结合具体情况为你详细分析。