结论：单位每月休息三天，若休超一天，具体算法需结合劳动合同、单位规章制度以及相关法律法规综合判断，常见情况有以下两种：

1. 按事假处理
   若劳动合同或单位规章制度明确规定每月休息3天，超出部分视为事假，单位有权扣除当日工资。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因员工原因造成单位经济损失的，单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%。因此，若休超一天未造成实际损失，单位通常只能扣除当日工资，不得额外罚款或要求赔偿。

2. 按调休或补休处理
   若单位因工作需要（如加班、节假日值班等）安排员工调休，且双方协商一致将超休日作为调休，则单位需按法定标准支付加班费或安排补休。例如，若员工在法定节假日加班，单位应支付不低于工资300%的加班费；若在休息日加班且未安排补休，则需支付200%的工资。若超休日属于调休范畴，单位不得随意扣除工资。

补充说明：

• 合同优先原则：若劳动合同或集体合同对休息日、加班费等有更详细约定，应以合同为准。例如，合同约定每月休息4天，则单位不得以“每月休息3天”为由扣除工资。
  
• 单位规章制度合法性：若单位规章制度规定“休超一天扣双倍工资”，但未经过民主程序（如职工代表大会讨论）或未公示，则该条款可能无效，员工有权拒绝。
  
• 举证责任：若单位主张扣除工资，需提供证据证明超休日属于事假或未安排调休，否则可能承担不利后果。

建议：

• 核对劳动合同和单位规章制度，明确休息日、加班费、调休等条款；
  
• 若单位随意扣款，可先与HR或上级沟通，要求出具书面扣款依据；
  
• 沟通无果可向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁维护权益。
  

如有其他细节（如超休原因、单位具体规定等），可进一步说明，我会为您详细分析。