月休2天但是休了3天，工资应按照实际出勤天数计算，并考虑是否存在加班或调休等情况。具体分析如下：

一. 工资计算方式

1. 日工资计算：根据月薪制工资的计算方式，日工资为月工资收入除以月计薪天数。月计薪天数通常按30天计算（考虑月休2天的情况）。
2. 实际出勤天数：由于月休2天但实际休息了3天，因此实际出勤天数应相应减少1天。
3. 工资扣除：根据日工资和实际出勤天数，可以计算出应扣除的工资额。即日工资乘以未出勤的天数（1天）。

二. 加班或调休考虑

1. 加班情况：如果员工在休息日（非法定节假日）加班，且公司未安排调休，则应根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
2. 调休情况：如果员工之前有过加班并积累了调休时间，且此次多休息的1天是使用调休时间，则工资不应扣除，因为调休是员工应得的休息时间。

三. 总结

• 如果员工多休息的1天没有使用调休时间，且未加班，则应从工资中扣除相应日工资。
• 如果员工多休息的1天是使用了调休时间或加班后应得的休息时间，则工资不应扣除。

因此，在计算工资时，需综合考虑员工的实际出勤天数、加班情况以及调休时间。我建议公司人力资源部门或财务部门在核算工资时，应仔细审查员工的考勤记录和加班记录，以确保工资计算的准确性和合法性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。