关于员工假期超休3天按几天算工资的问题，这主要取决于超休假期的性质以及公司的具体规章制度。以下是从不同角度进行的详细分析：

1. 超休假期为带薪年休假或法定假日：

   • 如果员工超休的是带薪年休假或法定假日，且公司规章制度或劳动合同中未明确规定超休的处理方式，那么通常情况下，员工超休的这几天仍应视为带薪休假，公司应按照正常工资标准支付工资。但需注意，若公司规章制度或劳动合同中有特别约定，如超休需扣减相应工资或福利，则需按照约定执行。

2. 超休假期为事假或病假：

   • 事假：如果员工超休的是事假，且未经公司批准，那么公司有权根据规章制度或劳动合同中的约定，对超休部分进行扣减工资处理。具体扣减方式可能因公司而异，有的公司可能按日工资的全额扣减，有的则可能按一定比例扣减。
   • 病假：对于病假，情况可能更为复杂。如果员工因病需要超休，且提供了有效的医疗证明，公司通常会按照病假工资标准支付工资。但若员工未提供医疗证明或未经公司批准超休病假，公司则可能按照事假或旷工处理，扣减相应工资。

3. 公司规章制度或劳动合同中的特别约定：

   • 除了上述法定情形外，公司规章制度或劳动合同中还可能包含关于假期超休的特别约定。这些约定可能涉及超休的审批流程、扣减工资的标准、是否计入旷工等。因此，在处理假期超休问题时，必须仔细审查公司规章制度和劳动合同中的相关条款。

4. 实际操作建议：

   • 对于员工而言，应提前了解并遵守公司的假期管理制度，避免超休情况的发生。若因特殊情况需要超休，应及时与公司沟通并获得批准。
   • 对于公司而言，应制定完善的假期管理制度，明确假期类型、审批流程、扣减工资标准等，并在员工入职时进行充分告知和培训。同时，在处理假期超休问题时，应确保程序合法、公正、透明，避免引发劳动纠纷。

示例说明： 假设某公司规章制度中规定，员工事假需提前申请并经批准，未经批准的事假将按日工资的200%扣减工资。若某员工未经批准超休了3天事假，那么公司有权按照日工资的200%扣减其这3天的工资。具体计算公式为：扣减工资 = 日工资 × 200% × 超休天数。若该员工日工资为500元，则扣减工资为：500元 × 200% × 3天 = 3000元。

总结与建议： 假期超休问题的处理需结合假期性质、公司规章制度和劳动合同中的约定进行综合判断。若您对此类问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。