结论：请病假超过5天就扣工龄和全勤的做法，一般是不合法的。下面我将从多个角度为你详细分析。
一、关于扣工龄的合法性分析
工龄的定义与计算：
- 工龄通常指的是员工在某个单位或行业工作的总时间，它是计算员工福利、年假、退休金等的重要依据。
- 工龄的计算一般基于员工实际的工作时间，而非请假时间。除非有明确的法律法规或劳动合同约定，否则因病假而扣除工龄是不合理的。
法律法规依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工享有因病休息的权利，且在规定的医疗期内，用人单位不得解除劳动合同，也不得因员工请假而扣除其工龄。
- 若用人单位因员工请病假而扣除工龄，这可能构成对员工合法权益的侵犯，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
二、关于扣全勤的合法性分析
全勤的定义与奖励：
- 全勤通常指的是员工在一个月内未请假、未迟到、未早退等，完全按照公司规定的工作时间出勤。
- 全勤奖是公司为了鼓励员工全勤而设立的一种奖励制度，其发放条件和标准应由公司规章制度明确规定。
法律法规与规章制度的关系：
- 虽然公司有权制定规章制度来管理员工，但这些规章制度必须符合法律法规的规定，不得侵犯员工的合法权益。
- 如果公司规章制度中规定“请病假超过5天就扣全勤”，且这一规定没有法律法规依据，或者与法律法规相抵触，那么这一规定就是无效的。员工有权拒绝执行，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
三、实际操作建议
查看劳动合同与规章制度：
- 员工应首先查看自己的劳动合同和公司规章制度，了解其中关于病假、工龄和全勤的规定。
- 如果发现公司规定与法律法规相抵触或侵犯了自己的合法权益，员工应及时与公司沟通协商，要求公司改正。
保留证据与寻求帮助：
- 如果公司拒绝改正或员工认为自己的权益受到严重侵犯，员工应保留好相关证据（如病假条、工资条、公司规章制度等）。
- 员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
总结与建议：请病假超过5天就扣工龄和全勤的做法一般是不合法的。员工应了解自己的权益和公司的规章制度，并在必要时采取法律手段来维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动工伤或劳动仲裁的问题，欢迎直接向我咨询。