结论前置：病假超过六个月扣一整年工龄的做法通常是不合法的，工龄的计算与病假时长无直接关联，但具体政策可能因地区、行业、企业规定而有所不同。以下从多个角度进行详细分析：

工龄的计算原则

1. 连续计算法：工龄是职工在用人单位连续工作的时间，其计算遵循连续计算法。这意味着，无论职工因何种原因（包括病假）暂时离开工作岗位，只要其劳动关系未中断，其工龄就应连续计算。
2. 病假与工龄的关系：病假作为职工因病暂时无法工作的时间，并不属于中断工作的主观原因。因此，在病假期间，职工的工龄应连续计算，不会因病假而中断或扣除。

病假期间的工龄计算规定

1. 医疗期内的工龄计算：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》等相关法律法规，职工患病或非因工负伤，在规定的医疗期内（通常不超过6个月），其工龄会连续计算。这意味着，即使职工在医疗期内未实际工作，其工龄也不会因此受到影响。
2. 医疗期外的工龄计算：若病假超过医疗期（即超过6个月），根据具体规定，病休期间可能不计入工龄。但这一规定并不意味着会扣除职工之前已累积的工龄，而是指病休期间的时间不作为工龄的累积。同时，这一规定也可能因地区、行业、企业规定而有所不同，并非绝对。

病假期间的工资支付与工龄

1. 工资支付标准：病假期间，虽然工资支付标准可能低于正常工作期间，但并不会影响工龄的计算。病假工资的发放标准通常与职工的工龄有关，工龄越长，病假工资的支付比例可能越高。
2. 法律保护：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者在患病或非因工负伤期间，用人单位不得随意解除劳动合同。这确保了劳动者在病假期间也能享受到应有的工龄累积权益和其他劳动权益。

实际操作中的建议

1. 了解当地政策：由于工龄计算和病假政策可能因地区、行业、企业规定而有所不同，因此建议职工在遇到具体问题时，首先了解当地的劳动法规或企业规定。
2. 咨询专业人士：如果职工对工龄计算或病假政策有疑问，可以向专业的劳动法律人士咨询，以确保自身权益得到妥善保护。
3. 保留相关证据：在病假期间，职工应保留好相关的医疗证明和病假条等证据，以便在需要时证明自己的病假情况和工龄累积情况。

总结来说，病假超过六个月扣一整年工龄的做法通常是不合法的。工龄的计算与病假时长无直接关联，而是遵循连续计算法。在实际操作中，建议职工了解当地政策、咨询专业人士并保留相关证据，以确保自身权益得到妥善保护。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。