员工请病假扣全勤奖金是否合法，需分情况讨论：
若公司规章制度或劳动合同中有明确规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位有权根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。这意味着，如果公司在其规章制度或劳动合同中明确规定了请病假将扣除全勤奖金，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除是合法的。
- 但需注意：规章制度或劳动合同中的规定必须合法、合理，且经过民主程序制定，并向劳动者公示或告知。如果规定存在违法或不合理之处，或者未经过民主程序制定、未向劳动者公示或告知，那么该规定可能无效，扣除全勤奖金的行为也可能不合法。
若公司规章制度或劳动合同中无明确规定：
- 在没有明确规定的情况下，用人单位通常不能随意扣除员工的全勤奖金。全勤奖金是用人单位为了鼓励员工全勤工作而设立的一种奖励制度，其发放应当遵循公平、合理的原则。
- 如果公司无故扣除全勤奖金，员工有权向公司提出异议，并要求公司补发被扣除的奖金。如果公司拒绝补发，员工可以向劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的合法权益。
额外建议：
- 对于员工：在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资、奖金、福利等方面的规定。如果公司有规章制度，也应要求公司提供并仔细阅读。在请病假前，最好先了解公司的相关规定，以免因不了解规定而遭受不必要的损失。
- 对于公司：在制定规章制度或劳动合同条款时，应确保规定合法、合理，并经过民主程序制定。同时，应向劳动者公示或告知相关规定，以确保劳动者了解并遵守。在扣除员工全勤奖金时，应确保有明确的依据和合理的理由，避免引发劳动争议。
可能涉及的法律后果：
- 如果公司违法扣除全勤奖金，员工有权要求公司补发被扣除的奖金，并可能要求公司支付相应的经济补偿或赔偿金。
- 如果公司因此引发劳动争议，可能需要承担仲裁费用、诉讼费用等额外成本，并可能影响公司的声誉和形象。
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