结论前置：请年假扣全勤奖是否合法，需分情况讨论。一般情况下，请年假不应扣全勤奖，但若公司规章制度明确且合法地将年假纳入缺勤范围，则可能合法。

详细分析

1. 年假的法定性

   • 根据《职工带薪年休假条例》，劳动者连续工作1年以上的，依法享受带薪年休假。这是劳动者的法定权利，旨在保障劳动者的休息权益。
   • 年假期间，劳动者不仅享有休假的权利，还享有与正常工作期间相同的工资收入，且休假期间视为出勤。

2. 全勤奖的考核标准

   • 全勤奖通常是对员工在特定周期内（如整月）无迟到、早退、请假及旷工记录的一种奖励措施。
   • 由于年假是劳动者的法定待遇，且休假期间视为正常出勤，因此年假不应被视为影响全勤考核的因素。

3. 合法与违法情形

   • 合法情形：若用人单位规章制度明确规定“请年假视为缺勤”，且该制度经过民主程序制定（如经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定）并公示或告知劳动者，则扣发全勤奖可能具有合法性。但这种情况较为少见，且需严格符合法定程序。
   • 违法情形：若规章制度未明确将年假纳入缺勤范围，或制度未经法定程序通过，则扣发行为违法。此时，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

4. 实际操作与建议

   • 劳动者在入职时应仔细阅读并了解公司的规章制度，特别是关于请假、全勤奖等方面的规定。
   • 如对公司扣全勤奖的行为有疑问或不满，应及时与公司进行沟通协商，要求公司说明扣奖依据。
   • 若公司扣全勤奖的行为确实存在违法或不合理之处，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

法律依据

• 《中华人民共和国劳动法》第四十五条：国家实行带薪年休假制度。劳动者连续工作一年以上的，享受带薪年休假。具体办法由国务院规定。
• 《中华人民共和国劳动合同法》第四条：用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
• 《职工带薪年休假条例》第二条：机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假（以下简称年休假）。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。

综上所述，请年假扣全勤奖的合法性需根据具体情况进行综合判断。劳动者在请假前应充分了解公司规章制度及法律法规的相关规定，以确保自己的合法权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。