结论：未签订书面停薪留职协议，但事实上存在停薪留职的情况，其合法性需根据具体情况综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、协议形式与法律效力
书面协议的重要性：
- 通常情况下，为了明确双方的权利和义务，避免后续纠纷，停薪留职协议应当采用书面形式，并由双方签字或盖章确认。书面协议具有更强的证明力，能够清晰地反映双方的意愿和约定。
事实关系的认定：
- 尽管未签订书面协议，但如果双方事实上已经按照停薪留职的方式在运作，且这种运作方式得到了双方的认可，那么可以认为双方之间存在事实上的停薪留职关系。然而，这种事实关系的认定可能因地区、具体案件情况以及证据的充分性而有所不同。
二、合法性判断的关键要素
双方意愿的真实性：
- 无论是书面协议还是事实关系，都必须确保双方的意愿是真实的，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方是在被胁迫或欺诈的情况下接受了停薪留职的安排，那么这种安排可能是无效的。
内容的合法性：
- 停薪留职协议的内容必须合法合规，不得违反法律法规的强制性规定和社会公共利益。例如，协议不能约定侵犯劳动者基本劳动权益的内容，如停薪留职期间不缴纳社会保险等。因为缴纳社会保险是用人单位的法定义务，不能通过协议来免除。
对劳动者权益的影响：
- 在判断停薪留职的合法性时，还需要考虑这种安排对劳动者权益的影响。如果停薪留职导致劳动者的基本生活受到严重影响，或者剥夺了劳动者应享有的其他合法权益，那么这种安排可能是不合法的。
三、实践中的注意事项与建议
尽量签订书面协议：
- 为了避免后续纠纷和明确双方的权利义务，建议用人单位和劳动者在达成停薪留职的共识后，尽量签订书面协议。书面协议可以详细规定停薪留职的期限、待遇、社会保险缴纳等事项，为双方提供明确的法律保障。
保留相关证据：
- 如果确实无法签订书面协议，双方应当保留好与停薪留职相关的证据，如聊天记录、邮件往来、工资发放记录等。这些证据可以在后续发生纠纷时，作为证明双方事实上存在停薪留职关系的依据。
及时咨询法律专业人士：
- 由于停薪留职的合法性判断涉及多个方面的因素，且不同地区、不同案件的情况可能有所不同。因此，在面临停薪留职的问题时，建议及时咨询法律专业人士，如律师或法律顾问。他们可以根据具体情况提供专业的法律意见和建议，帮助双方更好地维护自己的合法权益。
最后，未签订书面停薪留职协议但事实上存在停薪留职的情况，其合法性需根据具体情况综合判断。为了确保双方的权益得到保障，建议尽量签订书面协议并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。