公司停薪留职不合法。停薪留职是指为了使特定职工有期限离岗停薪并保留职工身份，而由用人单位与该职工依法签订的，约定停薪留职期间双方相互权利和义务的合同。但目前国家出台的关于停薪留职的规定，其前提是员工个人申请，并经企业批准后，申请人才会停薪留职。换句话说，停薪留职并非企业可以单方面决定的行为，而是需要员工与企业达成一致意见后才能实施。

在实际操作中，如果企业未经员工同意就擅自实行停薪留职，那么这种行为很可能构成对劳动合同的违约，员工有权向劳动仲裁机构或法院提起诉讼，维护自己的合法权益。因此，企业在处理员工停薪留职问题时，必须严格遵守相关法律法规，确保行为的合法性和合规性。

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