停薪留职被辞退是否合法，需视具体情况判断。
若存在法定事由：停薪留职期间，单位若要辞退员工，通常是基于法定事由，如员工严重违反用人单位的规章制度。在此情况下，单位有权解除停薪留职协议，且辞退行为合法。单位辞退时需遵循法定程序，如提前通知等。
若协议有约定：若员工和单位签订的停薪留职协议中明确约定了辞退的情形和条件，当员工出现符合协议约定的辞退情形时，单位辞退员工一般合法。比如协议约定停薪留职期间不得从事与本单位有竞争关系的业务，员工违反该约定，单位辞退则有依据。
若无正当理由：如果没有相关协议约定，或单位辞退员工的理由不符合《劳动合同法》等相关法律规定，那么辞退不合法。例如，单位仅以员工处于停薪留职状态为由辞退，无其他正当理由，就属于违法解除劳动合同。此时，员工可要求单位继续履行劳动合同，或要求单位按照经济补偿标准的二倍支付赔偿金。
综上所述，停薪留职期间单位在符合法定条件和程序的情况下可以辞退员工，但单位必须谨慎处理，确保辞退行为合法合理，避免引发不必要的法律纠纷。如果您在此方面遇到任何问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议和支持。