公司要求员工签停薪留职协议，不签就不发工资，这种做法通常是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
合法性分析
停薪留职的合法性基础：
- 现代劳动法律体系中，已不再明确支持停薪留职的做法，除非双方有特别约定且符合法律规定，或符合公司内部经过民主程序制定并已公示的合理规章制度。
- 停薪留职并非法定制度，其合法性需基于双方协商一致或符合特定条件。
不签协议不发工资的违法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 公司以不签停薪留职协议为由不发工资，属于变相克扣工资，是违法的。
公司可能面临的法律后果：
- 如果公司因此拖欠或未足额支付工资，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
- 公司还可能面临劳动保障行政部门的处罚，如责令限期支付工资报酬，并可能加付赔偿金。
员工应对措施
与公司协商：
- 首先尝试与公司进行友好协商，说明法律规定，要求公司按时足额发放工资，并撤销不合理的停薪留职要求。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，可以向当地劳动监察大队投诉，劳动监察部门有权责令用人单位限期支付工资，并可能对公司进行处罚。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果公司仍不支付工资，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付工资及可能的赔偿金。
- 对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
保留证据：
- 在处理此类问题时，劳动者应保留好相关证据，如工作记录、工资条、劳动合同等，以证明自己的工作情况和应得的工资数额。
特殊情况说明
- 如果公司与员工就停薪留职事项进行了充分沟通，并就相关事项（如期限、社保公积金缴纳、双方权利义务等）达成一致意见，签订了书面协议，且该协议不违反法律法规的强制性规定，那么这种停薪留职安排可能被视为合法。但即便如此，公司也不能以不签协议为由不发工资。
总结与建议：
公司要求员工签停薪留职协议，不签就不发工资的做法，通常是不合法的。劳动者在面对此类要求时，应了解自己的权益和法律规定，并采取适当的措施来维护自己的合法权益。如果遇到复杂情况或不确定如何维权，可以直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。