企业与员工签订停薪留职协议的合法性需根据具体情况来判断，但总体而言，这一做法在现代劳动法律体系下并不被普遍支持，除非符合特定条件且双方协商一致。以下是对此问题的详细分析：
一、合法情形
双方协商一致：
- 如果企业与员工就停薪留职事宜进行了充分沟通，并就相关事项（如期限、工资待遇、社会保险缴纳、双方权利义务等）达成一致意见，签订了书面协议，这种安排可能被视为合法。但关键在于，这种协商必须是自愿、平等和公平的，不得存在欺诈、胁迫等情形。
符合内部规章制度：
- 企业有完善且合理的规章制度，明确规定了停薪留职的具体条件和程序，并且该制度已经过民主程序制定并向员工公示。在这种情况下，企业依据规章制度要求员工停薪留职可能具有一定的合法性基础。但需注意，该规章制度不能与现行法律法规相冲突，且必须确保员工的合法权益不受损害。
二、不合法情形
未经协商强制要求：
- 企业单方面强制要求员工停薪留职，未与员工进行任何协商或沟通，这是明显不合法的。这种行为侵害了员工获得劳动报酬的权利和继续履行劳动合同的权益，员工有权拒绝并寻求法律途径维护自己的权益。
规避法律责任：
- 企业以停薪留职为名，实际上是为了裁员或逃避支付经济补偿等法律责任，这也是不合法的。这种行为违反了劳动法律法规的基本原则和精神，员工同样有权拒绝并寻求法律保护。
影响员工基本权益：
- 停薪留职期间，如果企业不按照法律规定为员工缴纳社会保险等，导致员工的社会保险权益受损，这种停薪留职安排同样是违法的。因为为员工缴纳社会保险是企业的法定义务，不得因停薪留职而免除。
违反现行法律规定：
- 《劳动法》及相关法规中并未明确规定停薪留职的制度，且随着市场经济的发展和劳动法规的不断完善，停薪留职制度已逐渐退出历史舞台。因此，除非有特别约定或符合特定条件，否则企业要求员工停薪留职将缺乏法律依据。
三、法律建议
签订书面协议：
- 如果企业与员工确实需要签订停薪留职协议，务必确保协议内容合法、明确，并详细约定双方的权利义务。协议应包括停薪留职的期限、工资待遇、社会保险缴纳、保密义务等事项，以避免未来可能出现的争议。
保留证据：
- 双方应妥善保存与停薪留职相关的所有文件和记录，包括协议文本、沟通记录、工资支付凭证等。这些证据在未来可能出现的劳动争议中将起到关键作用。
及时沟通：
- 在停薪留职期间，企业应保持与员工的联系，及时了解员工的情况和需求。同时，员工也应主动与企业沟通，确保自己的权益得到保障。
寻求法律援助：
- 如果员工在停薪留职过程中遇到任何问题或权益受到侵害，应及时寻求法律援助。作为专业律师，我可以为你提供详细的法律咨询和帮助，确保你的权益得到维护。
综上所述，企业与员工签订停薪留职协议的合法性需根据具体情况来判断。在大多数情况下，未经协商或无正当理由的停薪留职是不合法的。因此，企业在考虑这一做法时务必谨慎，并确保符合相关法律法规和规章制度的要求。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。