结论前置：未设置农民工工资专用账户，主要由施工总承包单位承担责任，并会面临一系列处罚措施。这些处罚旨在确保农民工工资的按时足额支付，维护农民工的合法权益。

一、责任主体

根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，施工总承包单位是开设和使用农民工工资专用账户的责任主体。这意味着，如果未设置农民工工资专用账户，主要责任在于施工总承包单位。

二、处罚措施

1. 责令限期改正：

   • 人力资源社会保障行政部门、相关行业工程建设主管部门会按照职责责令施工总承包单位限期改正，即要求其在一定期限内开设农民工工资专用账户。

2. 逾期未改正的处罚：

   • 如果施工总承包单位逾期未改正，相关部门会责令项目停工，并处以5万元以上10万元以下的罚款。罚款的具体数额会根据违法情节、造成的后果等因素综合确定。

3. 情节严重时的处罚：

   • 如果情节严重，施工总承包单位还可能面临限制承接新工程、降低资质等级、吊销资质证书等更为严厉的处罚。这些处罚措施旨在进一步督促施工总承包单位遵守相关法律法规，确保农民工工资的支付。

三、法律背景与目的

《保障农民工工资支付条例》的施行，旨在规范农民工工资支付行为，保障农民工的合法权益。农民工工资专用账户的设立，是这一制度的重要组成部分，它有助于确保农民工工资的专款专用，防止工资被挪用或截留。因此，未设置农民工工资专用账户，不仅违反了相关法律法规，也损害了农民工的合法权益。

四、实际案例与影响

在实际操作中，已有多起因施工总承包单位未开设农民工工资专用账户而受到处罚的案例。这些案例表明，相关部门对农民工工资支付问题的重视程度，以及未设置农民工工资专用账户可能带来的严重后果。这些后果不仅包括罚款和项目停工，还可能影响施工总承包单位的声誉和未来业务发展。

五、建议与措施

为了避免未设置农民工工资专用账户带来的法律后果，施工总承包单位应：

1. 立即开设农民工工资专用账户：确保账户的专款专用，用于支付该工程建设项目的农民工工资。

2. 规范工资支付流程：建立健全农民工工资支付管理制度，明确支付流程、标准和时间，确保工资的按时足额支付。

3. 加强内部管理和监督：完善内部管理制度，加强对财务和人事部门的监督，防止违规操作导致的工资发放问题。

4. 积极配合监管部门：在相关部门进行监督检查时，积极配合并提供必要的资料和信息。

六、对农民工的提示

对于农民工而言，如果发现施工总承包单位未设置农民工工资专用账户或未通过专户发放工资，可以：

1. 向相关部门举报：向人力资源社会保障行政部门或相关行业工程建设主管部门举报施工总承包单位的违法行为。

2. 维护自身权益：通过合法途径维护自己的工资权益，如申请仲裁或提起诉讼等。

总之，未设置农民工工资专用账户是严重的违法行为，施工总承包单位应严格遵守相关法律法规，确保农民工工资的按时足额支付。如果遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。