针对您提出的“项目完工后，发现总包未按规定使用农民工工资专用账户怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，如果施工总承包单位未按规定开设或者使用农民工工资专用账户，这一行为是违反了《保障农民工工资支付条例》的相关规定的。

根据该条例的第五十五条，对于此类违规行为，人力资源社会保障行政部门和相关行业工程建设主管部门会按照职责首先责令施工总承包单位限期改正。这是给予施工单位一个自我纠正的机会，以避免更严重的处罚。

然而，如果施工总承包单位在规定的期限内并未进行改正，那么将面临更为严厉的处罚措施。具体来说，相关部门会责令项目停工，以确保农民工的工资支付问题得到妥善解决，并防止问题进一步恶化。同时，还会对施工单位处以5万元以上10万元以下的罚款，以作为对其违规行为的惩戒。

更为严重的是，如果施工总承包单位的违规行为情节严重，那么除了上述处罚外，还可能面临限制承接新工程、降低资质等级、甚至吊销资质证书等更为严厉的处罚。这些处罚措施将直接影响到施工单位的业务发展和市场竞争力。

因此，我建议您，如果发现施工总承包单位存在未按规定使用农民工工资专用账户的情况，应及时向相关部门进行举报，并配合相关部门的调查和处理工作。同时，也希望施工单位能够严格遵守相关法律法规，确保农民工的合法权益得到保障。