结论：未签订书面劳动合同的情况下，用人单位无权因员工超休三天而扣除六天工资。

分析如下：

1. 劳动合同的签订与工资支付原则：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。虽然未签订书面劳动合同，但双方已形成事实劳动关系，用人单位仍需按照法律规定支付劳动者工资。
   • 工资支付应当遵循按劳分配的原则，即劳动者提供多少劳动，用人单位就应当支付多少工资。用人单位不得随意克扣或无故拖欠劳动者的工资。

2. 超休与工资扣除的合法性：

   • 如果员工超休（即未经批准擅自缺勤），用人单位可以根据公司规章制度或劳动合同中的约定，对员工进行相应的纪律处分，如警告、罚款（但罚款金额需合法合理，且不得超过当月工资的20%）或解除劳动合同等。
   • 然而，用人单位无权直接扣除员工超出缺勤天数的工资。例如，员工超休三天，用人单位不能因此扣除六天工资。这种做法违反了工资支付的原则和劳动法的相关规定。

3. 未签订劳动合同的法律后果：

   • 如果用人单位未与员工签订书面劳动合同，员工有权要求用人单位支付未签订劳动合同的双倍工资差额（自用工之日起满一个月的次日至满一年的前一日）。
   • 同时，未签订劳动合同并不影响员工与用人单位之间事实劳动关系的成立，员工仍享有劳动法规定的各项权利，包括获得劳动报酬的权利。

4. 建议与行动：

   • 如果您遇到用人单位因超休而扣除过多工资的情况，首先应当与用人单位进行沟通协商，要求用人单位按照法律规定支付工资。
   • 如果沟通无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

后续思考依据：

• 在处理此类纠纷时，关键在于明确劳动合同的签订情况、工资支付的原则以及用人单位对员工缺勤的处理方式。
• 劳动者应当了解自己的权利和义务，当权益受到侵害时，及时寻求法律援助或咨询专业律师（即我，余森豪律师，专注于刑事辩护、合同纠纷、取保候审、交通事故、劳动纠纷领域），以确保自己的合法权益得到有效维护。