针对您提出的问题“工厂搬迁员工不愿意去但劳动合同不在员工手上那怎么办”，我的结论是：员工即使没有劳动合同在手，也依然享有相应的劳动权益，可以通过多种途径来维护自己的权益。 以下是详细的分析和建议：

1. 劳动合同的效力与保管：

   • 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。即使劳动合同不在员工手上，也不影响其法律效力。员工依然有权依据劳动合同的约定和法律规定来维护自己的权益。

2. 工厂搬迁与劳动合同变更：

   • 工厂搬迁通常被视为劳动合同内容的重大变更，如工作地点、工作条件等。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。若员工不愿意随工厂搬迁，这实际上构成了双方对劳动合同变更的协商不一致。

3. 员工权益的维护途径：

   • 与用人单位协商：员工可以首先尝试与用人单位进行协商，表达自己的意愿和诉求，寻求双方都能接受的解决方案。
   • 向劳动监察部门投诉：若协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，反映用人单位在劳动合同变更方面的违法行为，请求劳动监察部门进行调查和处理。
   • 申请劳动仲裁：员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求裁决用人单位支付经济补偿金或解除劳动合同等。在申请劳动仲裁时，员工需要提供相关证据来证明自己的主张，如工资单、工作证、考勤记录等，即使没有劳动合同，这些证据也能在一定程度上证明劳动关系的存在。

4. 关于经济补偿金：

   • 若因工厂搬迁导致劳动合同无法继续履行，且双方无法就变更劳动合同达成一致，用人单位可能需要支付经济补偿金给员工。经济补偿金的计算通常依据员工在用人单位的工作年限和月工资标准来确定。具体计算公式为：经济补偿金 = 工作年限 × 月工资（其中，月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资）。若员工月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

5. 建议与注意事项：

   • 员工在维护自己权益的过程中，应保持冷静和理性，避免采取过激行为。
   • 员工应尽可能收集并保留与劳动关系相关的证据，以便在需要时提供证明。
   • 若员工对法律程序不熟悉或感到困惑，可以寻求法律援助或咨询专业律师（当然，您可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助）以获取更具体的指导和建议。

综上所述，即使劳动合同不在员工手上，员工也依然有权维护自己的劳动权益。在面对工厂搬迁等劳动合同变更的情况时，员工应积极与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等途径来寻求解决方案。