结论：是否超过诉讼时效需分情况判断，关键在于诉讼时效的起算点及是否存在中断、中止情形。若自应付款之日起算已超三年且无中断事由，则可能超过诉讼时效；若存在中断事由或起算点未满三年，则未超过。

1. 诉讼时效的法定期间

根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，普通诉讼时效为三年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起计算。在工程款纠纷中，诉讼时效的起算点通常为“应付款之日”，即双方约定的付款期限届满之日或工程实际交付之日（若未约定付款时间）。

2. 发包方反悔起诉是否超时效的关键分析

• 若自应付款之日起已超三年且无中断事由：
  若发包方在工程款支付期限届满后三年内未主张权利，且期间未发生诉讼时效中断（如发包方催款、承包方承诺付款等），则承包方可能以“超过诉讼时效”为由抗辩，法院可能驳回发包方诉求。

• 若存在诉讼时效中断情形：
  根据《民法典》第一百九十五条，若发包方在三年内曾向承包方催款、双方达成还款协议，或承包方明确承认欠款，均会导致诉讼时效重新计算三年。此时，即使起诉时距应付款之日已超三年，仍可能未超过时效。

• 若起算点未满三年：
  若工程款支付期限较长（如约定竣工后五年付款），或双方对结算时间存在争议导致应付款之日不明确，诉讼时效可能尚未起算或未满三年，此时发包方起诉未超时效。

3. 实务建议

• 发包方：若发现承包方未按时付款，应立即通过书面催款、律师函等方式固定证据，避免时效经过；若已超三年，需尽快收集时效中断的证据（如催款记录、还款承诺等）。
  
• 承包方：若被起诉，可核查对方起诉是否超时效，并要求对方提供时效中断的证据；若无法提供，可主张时效抗辩。
  

提示：诉讼时效问题涉及具体事实和证据，建议提供合同、结算单、催款记录等材料，以便进一步分析。若有疑问，可直接向我咨询工程款纠纷相关法律问题。