结论：要求返还超付工程款的诉讼时效问题，关键在于确定诉讼时效的起算点，即便未结算也并不意味着不知道超付，诉讼时效的起算可能因具体情况而有所不同。以下从多个角度进行分析：
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。”
二、超付工程款诉讼时效的起算点
结算后知道超付：
- 如果双方已经进行了结算，并且结算后明确知道存在超付工程款的情况，那么诉讼时效应当从结算之日起计算。因为此时权利人已经明确知道其权利受到了损害，以及义务人是谁。
未结算但知道或应当知道超付：
- 即便双方未进行结算，但如果权利人通过其他途径（如自行核算、第三方审计等）知道或应当知道存在超付工程款的情况，诉讼时效也应当从知道或应当知道之日起计算。这是因为诉讼时效的起算并不完全依赖于结算行为，而是依赖于权利人知道或应当知道其权利受到损害的事实。
- 举例：假设承包方在施工过程中，由于设计变更等原因导致实际工程量增加，但发包方未及时调整工程款支付。承包方在施工过程中或施工结束后，通过自行核算发现发包方已超付工程款。此时，即便双方未进行最终结算，承包方也知道或应当知道其权利受到了损害，诉讼时效应当从知道或应当知道之日起计算。
未结算且不知道超付：
- 如果双方未进行结算，且权利人确实不知道存在超付工程款的情况，那么诉讼时效的起算点可能会推迟。但是，这种推迟并不是无限制的，一旦权利人通过某种方式知道或应当知道其权利受到了损害，诉讼时效即开始计算。
- 特殊情况：如果由于发包方的故意隐瞒或欺诈行为导致承包方一直不知道存在超付工程款的情况，那么承包方在发现后仍然可以主张权利，但诉讼时效的起算点可能会根据具体情况进行判定。不过，这种情况下的诉讼时效起算点问题较为复杂，需要具体分析。
三、诉讼时效的中断与延长
- 诉讼时效中断：在诉讼时效期间内，如果因法定事由（如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等）导致诉讼时效中断，那么从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算。
- 诉讼时效延长：在特殊情况下，人民法院可以根据权利人的申请决定延长诉讼时效期间。但这种情况较为罕见，需要满足严格的条件。
四、法律建议
- 及时结算与核对：为了避免诉讼时效问题带来的风险，建议双方在施工过程中或施工结束后及时进行结算和核对工程款支付情况。
- 保留证据：无论是否进行结算，双方都应当保留好与工程款支付相关的证据（如合同、支付凭证、核算记录等），以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。
- 及时咨询专业律师：如果发现存在超付工程款的情况或可能面临诉讼时效问题，建议及时咨询专业律师以获取针对性的法律建议和帮助。
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