关于主张超付工程款的诉讼时效计算问题，这是一个涉及法律条款和具体实践应用的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、基本诉讼时效规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这一规定同样适用于工程款主张，包括超付工程款的追偿。诉讼时效期间自权利人（即您，作为主张超付工程款的一方）知道或者应当知道权利受到损害以及义务人（即对方，可能为发包人或相关责任方）之日起计算。
二、诉讼时效起算时间的特殊情况
合同明确约定：
- 如果合同中明确约定了工程款的支付时间，且您发现对方超付了工程款，那么诉讼时效通常从该支付时间届满且您知晓超付事实之日起开始计算。
未结算或结算争议：
- 若工程款未进行结算，或结算存在争议，导致您无法确定对方是否超付及超付金额，诉讼时效的起算时间可能存在争议。
- 司法实践中，可能从您提交竣工结算文件之日起算，或从发包人对竣工结算文件作出审核意见或合理期限届满之日起算。这取决于具体案件情况和法院的判断。
质保金情况：
- 如果工程款中预留了质保金，且质保期届满后对方未按约定返还，导致您主张超付（即质保金部分被错误计算为应付款），诉讼时效从质保期届满且对方拒绝返还时起算。
三、诉讼时效的中断与重新计算
根据《民法典》第一百九十五条，以下情形可导致诉讼时效中断，并从中断、有关程序终结时起重新计算：
- 您向对方提出履行请求（如发送催款函或通知对方超付事实并要求返还）；
- 对方同意履行义务（如出具还款计划或确认超付事实并承诺返还）；
- 您提起诉讼或申请仲裁；
- 其他与提起诉讼或申请仲裁具有同等效力的情形。
四、最长诉讼时效
根据《民法典》第一百八十八条第二款，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。这意味着，即使存在诉讼时效中止或中断的情形，您主张超付工程款的诉讼时效也不得超过二十年。
五、实际操作建议
保存证据：
- 妥善保存施工合同、工程验收记录、付款凭证、结算文件等相关证据，以证明工程款的存在、支付情况及超付事实。
及时主张权利：
- 在发现对方超付工程款后，及时通过书面形式向对方提出返还请求，并保留好相关证据。
- 如果对方拒绝返还或存在争议，考虑在诉讼时效期间内提起诉讼或申请仲裁。
了解法律法规：
- 充分了解相关法律法规和合同约定，确保在诉讼时效期间内采取有效措施维护自身合法权益。
综上所述，主张超付工程款的诉讼时效计算涉及多个法律知识点和具体实践应用。建议您在遇到此类问题时，仔细分析具体情况，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。