工程结算款每年付一部分，未付部分超过3年，并不直接等同于超过诉讼时效。诉讼时效的判定需结合具体情况，以下从几个关键角度进行分析：
一、诉讼时效的基本规定与起算点
基本规定：根据《民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这一规定同样适用于工程结算款的追讨。
起算点的确定：
- 若工程结算款支付协议中明确约定了每年的付款时间，则诉讼时效自每年付款期限届满之日的次日起算。例如，若协议约定每年12月31日前支付部分款项，则诉讼时效从次年1月1日起算，持续三年。
- 若协议中未明确每年的付款时间，或者付款时间约定不明确，债权人可随时要求债务人付款，但需给予对方合理的准备时间。此时，诉讼时效自该合理准备时间届满之日起算。
二、诉讼时效的中断与中止情形
诉讼时效中断：
- 在诉讼时效期间内，若债权人向债务人提出履行请求（如发送催款函、进行电话催收等），或者债务人同意履行义务（如签署还款计划、实际支付部分款项等），均可导致诉讼时效中断。中断后，诉讼时效期间重新计算。
- 因此，如果债权人在未付部分超过3年的期间内，有向债务人提出过履行请求或债务人有过同意履行义务的行为，诉讼时效可能并未超过。
诉讼时效中止：
- 在诉讼时效期间的最后六个月内，若因不可抗力或其他法定事由（如债权人因疾病、意外等原因无法行使请求权）导致债权人无法行使请求权，诉讼时效可中止。中止事由消除后，诉讼时效期间继续计算。
三、实际应用中的判断方法
查看支付协议内容：首先，应仔细审查工程结算款支付协议的内容，特别是关于每年付款时间的约定。这是判断诉讼时效起算点的重要依据。
回顾催收与履行情况：其次，应回顾在协议出具后至当前期间内，债权人是否有向债务人提出过履行请求或债务人是否有过同意履行义务的行为。这些行为可能构成诉讼时效的中断事由。
考虑特殊情形：最后，还需考虑是否存在可能导致诉讼时效中止的特殊情形，如不可抗力事件等。
四、法律建议
- 保留证据：为避免诉讼时效问题，债权人应妥善保留与债务人的沟通记录、催款函、还款计划等相关证据材料。
- 及时主张权利：在发现债务人未按时支付工程结算款时，债权人应及时向债务人提出履行请求，并考虑通过法律途径维护自身权益。
- 咨询专业律师：如果对于诉讼时效的判定存在疑问或争议，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见和指导。